Aptamer Tədqiqat Xidməti
Aptamerə giriş
Aptamerlər, SELEX skrininqi adlanan və təkrarlanan seçimin çoxsaylı mərhələlərini əhatə edən bir proses tərəfindən təsadüfi təyin olunmuş ardıcıllıqlarla sintetik oliqonukleotidlər kitabxanasından in vitro skrininq edilən tək zəncirli nuklein turşusu (məsələn, DNT və ya RNT) molekullarıdır. Alpha Lifetech şirkətinə məxsus aptamer inkişaf xidmətlərinin əsas komponentlərinə aptamer kitabxanasının qurulması, aptamer SELEX skrininqi, aptamer SELEX ardıcıllığı, aptamer ardıcıllığı təhlili və digər aptamer təhlili daxildir.
SELEX ardıcıllığı aptamer SELEX skrininqini və yüksək məhsuldarlıqlı ardıcıllığı birləşdirir. Aptamer SELEX ardıcıllığı vasitəsilə hədəfə bağlı aptamerin spesifik ardıcıllığı səmərəli şəkildə müəyyən edilə bilər və bu da sonrakı aptamer ardıcıllığı təhlili və tətbiqi üçün əsas məlumatlar təmin edir.
Aptamerlər elmi tədqiqatlarda, xəstəliklərin müalicəsində, biosensorların qurulmasında, dərmanların kəşfində və ətraf mühitin monitorinqində geniş istifadə olunur. Lakin, in vitro müayinəsindən keçirilmiş oliqonukleotid aptamerlər in vivo asanlıqla parçalanır və hətta toksiklik nümayiş etdirir. Buna görə də, müayinədən keçirilmiş aptamerləri optimallaşdırdıqdan sonra, aptamer inkişafının uğurunu qiymətləndirmək üçün in vitro analiz tələb olunur. Müştərilərin fərqli analiz ehtiyaclarına uyğun olaraq, Alpha Lifetech müştərilərin seçə biləcəyi müxtəlif aptamer analiz strategiyalarına malikdir.

Şəkil 1. Aptamer analizinin diaqramı. İstinad mənbəyi:Thevendran R, Citartan M. 2022. Aptamerlərin Bağlantı Qohumluğunu Qiymətləndirmək üçün Təhlillər..
Aptamer Tədqiqat Xidmətinə Giriş
Aptamer Sabitlik Təhlili
Nukleaz parçalanması təcrübəsi
Aptameri müəyyən şərtlər altında müxtəlif növ nukleazalarla (məsələn, DNase, RNase və s.) inkubasiya etməklə, onun parçalanmaya qarşı qabiliyyətini qiymətləndirmək üçün onun parçalanması müşahidə olunur. Bu, praktik tətbiqlərdə aptamerin sabitliyini və davamlılığını müəyyən etmək üçün faydalıdır.
Floresan etiketləmə metodu
Aptamerin stabilliyi, aptamer üzərindəki flüoroforları etiketləməklə və hədəflə bağlanmadan əvvəl və sonra flüoresans siqnalındakı dəyişiklikləri müşahidə etməklə dolayı yolla qiymətləndirilir. Məsələn, aptamer hədəfə bağlandıqda, onun konformasiyası dəyişə bilər və bu da flüoresans siqnalının güclənməsinə və ya azalmasına səbəb ola bilər.
Termal sabitlik təhlili
Aptamerin istilik stabilliyi müxtəlif temperaturlarda ərimə temperaturunun (Tm dəyəri) dəyişməsini ölçməklə qiymətləndirilir. Aptamerin ərimə temperaturu nə qədər yüksəkdirsə, istilik stabilliyi bir o qədər yaxşıdır.
Dinamik sabitlik təhlili
Aptamer və hədəf arasındakı bağlanma və ayrılma prosesini real vaxt rejimində izləmək, dinamik parametrlər (məsələn, bağlanma sürəti sabiti, dissosiasiya sürəti sabiti və s.) əldə etmək, aptamer və hədəf arasındakı qarşılıqlı təsir mexanizmini daha dərindən anlamaq və onun dinamik sabitliyini qiymətləndirmək üçün səth plazmon rezonansı (SPR) və digər texnologiyalardan istifadə edilmişdir.
Struktur sabitlik təhlili
Aptamerin üçölçülü quruluşunu və struktur sabitliyini təhlil etmək üçün rentgen kristalloqrafiyası, nüvə maqnit rezonansı (NMR) və digər struktur biologiya üsullarından istifadə edilmişdir.
Aptamerə Xüsusi Təhlil
Aptamer bağlanma testi
Affinlik, aptamer və hədəf molekul arasındakı bağlanma sabitini, məsələn, dissosiasiya sabiti Kd-ni ölçmək üçün aptamer bağlanma analizi aparmaqla qiymətləndirilir. Daha aşağı Kd dəyəri daha yüksək yaxınlığı göstərir. Aptamer bağlanma analizi yüksək bağlanma qabiliyyətinə malik dərman namizədlərini müəyyən edə və sonra sonrakı farmakodinamika və farmakokinetika tədqiqatları apara bilər.
Tərs seçim təcrübəsi
Əks skrininq analizi, hədəf olmayan molekulları çox sayda namizəd molekuldan tez bir zamanda kənarlaşdırmaq üçün bir skrininq metodudur. Əks skrininq, bu xüsusiyyətə və ya funksiyaya malik olmayan molekulları kənarlaşdırmaq üçün hazırlanmışdır. Əks skrininqin açarı, skrininq prosesi zamanı hədəf olmayan molekulların müəyyən edilməsinə və çıxarılmasına imkan verən müvafiq əks skrininq markerlərini və ya şərtlərini seçməkdir. Bu təcrübədə hədəf olmayan molekulların seçilməsi çox vacibdir. Seçilən hədəf olmayan molekulların aptamer skrininqinə mane ola biləcək maddələri təmsil etdiyinə və mümkün müdaxilə edən amillərin mümkün qədər tam əhatə olunduğuna əmin olmaq lazımdır.
Rəqabətli inhibisiya təcrübəsi
Aptamer və hədəf molekulunun bağlanma sisteminə həddindən artıq rəqiblərin (məsələn, hədəf molekuluna oxşar quruluşa malik molekulların) əlavə edilməsi ilə aptamer və hədəf molekulunun bağlanma qabiliyyətinin dəyişməsi müşahidə olunur. Əgər aptamerin hədəf molekuluna bağlanma qabiliyyəti əhəmiyyətli dərəcədə azalırsa, bu, aptamerin yüksək spesifikliyə malik olduğunu göstərir.
Bəzi hallarda, rəqabətli inhibisiya təcrübələri tərs skrininq təcrübələrinin bir hissəsi və ya onlara əlavə olaraq istifadə edilə bilər. Məsələn, dərman skrininq prosesində dərman molekulunun hədəf zülala bağlanma qabiliyyəti rəqabətli inhibisiya təcrübələri ilə qiymətləndirilə bilər və sonra normal hüceyrələrə və ya toxumalara çox güclü bağlı olan birləşmələri çıxarmaq üçün tərs skrininq təcrübələrindən istifadə edilə bilər.
Aptamer Sitotoksiklik Təhlili
Aptamerlərin sitotoksiklik analizi üçün aptamerlərin hüceyrə yaşaması, proliferasiyası və ya funksiyasına təsirini qiymətləndirmək üçün hazırlanmış müxtəlif eksperimental metodlar mövcuddur.
| Metodlar | Ətraflı Giriş | Üstünlük | Dezavantaj |
|---|---|---|---|
| MTT aşkarlama metodu | MTT analizi canlı hüceyrələrin mitoxondriyalarındakı ferment aktivliyinə əsaslanan bir metoddur. Canlı hüceyrələrin mitoxondriyalarındakı suksinat dehidrogenaza ekzogen MTT-ni suda həll olmayan mavi-bənövşəyi kristal Formazana qədər reduksiya edə və onu hüceyrəyə yerləşdirə bilər, ölü hüceyrələrin isə belə bir funksiyası yoxdur. Bu kristalları dimetil sulfoksid (DMSO) ilə həll etmək və fermentdə müəyyən dalğa uzunluqlarında (məsələn, 490 nm və ya 570 nm) absorbsiyanı aşkar etmək dolayı yolla canlı hüceyrələrin sayını əks etdirə və beləliklə, aptamerin sitotoksikliyini qiymətləndirə bilər. | Yüksək həssaslıq, iqtisadiyyat və rahatlıq | Ağır iş yükü, üzvi həlledicilər hüceyrələrə zərər verə bilər; Yalnız son eksperimental nəticələr əldə edilə bilər və sitotoksikliyin tam prosesini görmək mümkün deyil. |
| CCK-8 Aşkarlama Metodu | Hüceyrə Sayma Dəsti-8 (CCK-8) yüksək həssaslığa malik, radioaktiv olmayan kolorimetrik aşkarlama metodudur. CCK-8 tərkibində canlı hüceyrələrin mitoxondriyalarında dehidrogenaza tərəfindən reduksiya edilən və suda yüksək dərəcədə həll olan narıncı metilzan yanacağı istehsal edən WST-8 var. İstehsal olunan mezan boyasının miqdarı canlı hüceyrələrin sayı ilə xətti olaraq əlaqəlidir və aptamerin sitotoksikliyini qiymətləndirmək üçün Mezan boyasının işığın udma dəyərini 450 nm dalğa uzunluğunda ölçməklə canlı hüceyrələrin sayı dolayı yolla əks oluna bilər. | Sadə əməliyyat, hüceyrələri yumağa ehtiyac yoxdur, sürətli aşkarlama, geniş xətti aşkarlama diapazonu, yüksək həssaslıq, yaxşı təkrarlanma, az sitotoksiklik | Reaktivin yüksək qiyməti; Bəzən azalmış absorbsiyanı canlı hüceyrələrin sayının azalması və ya hüceyrə dehidrogenazının özünün aktivliyinin azalması ilə əlaqələndirmək çətindir. |
| LDH aşkarlama metodu | LDH (laktat dehidrogenaza) hüceyrələrin sitoplazmasında sabit olan bir fermentdir və hüceyrə membranı zədələndikdə LDH hüceyrənin xaricində sərbəst buraxılır. LDH piruvat əmələ gətirmək üçün süd turşusunu katalizləşdirə və INT (tetrazolium duzları) ilə reaksiyaya girərək bənövşəyi kristal maddə əmələ gətirə bilər. Müəyyən bir dalğa uzunluğunda (məsələn, 490 nm) udulmasını ölçməklə hüceyrə zədələnməsinin dərəcəsi əks oluna bilər və sonra aptamerin sitotoksikliyi qiymətləndirilə bilər. | Bu, hüceyrələrin ölüm nisbətini birbaşa əks etdirir, hüceyrələrə daha az ziyan vurur və radioaktiv izotop çirklənməsi yoxdur. | Hüceyrələri inkubatordan tez-tez çıxarmaq ehtiyacı, əməliyyat daha mürəkkəbdir; Yalnız son eksperimental nəticələr əldə edilə bilər və sitotoksikliyin tam prosesini görmək mümkün deyil. |
| Real vaxt rejimində canlı hüceyrə görüntüləmə təhlili | Real vaxt rejimində canlı hüceyrə görüntüləmə analizatorundan istifadə edərək, cihaz inkubatora yerləşdirilərək hüceyrə böyümə dövrünün bütün prosesini real vaxt rejimində müşahidə və qeyd etdi. Aptamerlərin sitotoksikliyi hüceyrələrin morfoloji dəyişikliklərini və böyümə əyrilərini təhlil etməklə qiymətləndirilə bilər. Bu metod hüceyrə böyümə mühitini sabit saxlayarkən sitotoksik proseslərin video və kəmiyyət nəticələrini təmin edə bilər. | Sitotoksik prosesi real vaxt rejimində izləyə, dağıdıcı olmayan görüntüləmə apara, müdaxiləni və hüceyrələrə dəyən ziyanı azalda bilər; Dərin təhlil üçün həm video, həm də kəmiyyətləşdirilmiş nəticələr mövcuddur. | Avadanlıqların qiyməti yüksəkdir və peşəkar əməliyyat bacarıqları və məlumatların təhlili bacarığı tələb edir |
Hər hansı bir sualınız varsa, istənilən vaxt bizimlə əlaqə saxlamaqdan çəkinməyin.
Leave Your Message
0102



2018-07-16 

