L'afinitat és important per avaluar les interaccions intermoleculars, els assaigs d'afinitat de fàrmacs i el cribratge de fàrmacs. Les interaccions intermoleculars es poden descriure mitjançant equacions: L + R = LR, on L representa els lligands lliures, R representa els receptors no units i LR representa els complexos lligand-receptor units. Les reaccions d'unió defineixen les interaccions intermoleculars, on es produeix un intercanvi dinàmic entre els estats units i no units durant la reacció fins que s'arriba a l'equilibri. Això es pot descriure mitjançant les dues constants de velocitat, Kon (constant de velocitat d'unió) i Koff (constant de velocitat de dissociació), de la reacció. El valor Kd, que és el recíproc de la constant d'unió (Ka), és Koff/Kon, una constant important per a l'afinitat de la reacció. Per tant, com més forta sigui la unió entre dues molècules, més alta serà l'afinitat. Com més petit sigui el valor Kd, viceversa. Aquesta equació es pot representar com una corba en forma de S en un gràfic semilogarítmic, amb la concentració de lligands a l'eix x (a l'eix de l'escala logarítmica) i el límit fraccionari a l'eix y. La línia discontínua representa la concentració de lligand a una Kd (1 nM) de fracció d'unió de 0,5.

Fig. 1: Corba d'unió sigmoïdal de concentracions variables de lligand unit al receptor de la superfície cel·lular. (Font de referència: Hunter SA, Cochran JR. Assajos d'unió cel·lular per determinar l'afinitat de les interaccions proteïna-proteïna: tecnologies i consideracions.)