Aptameeri iseloomustamise analüüsi teenus

Alpha Lifetech on pakkunud aptameeridega seotud teenuseid juba aastaid ning suudab praegu pakkuda ulatuslikke aptameeride arendusskeeme, nagu aptameeride süntees, SELEX-skriining, suure läbilaskevõimega sekveneerimine ning aptameeride optimeerimine ja iseloomustamine. Lähtudes SELEX-meetodi eelistest aptameeride skriinimisel, on Alpha Lifetech laiendanud aptameeride skriinimise meetodeid.

Sissejuhatus aptameeri iseloomustusanalüüsi

Suhtelisuse kontrollimine

Optimeeritud aptameeri afiinsust kontrolliti aptameeri sidumisanalüüsi asjakohaste tehnikate abil. Näideteks on isotermiline tiitrimiskalorimeetria (ITC), voolutsütomeetria (FCM) ja pinnaplasmonresonants (SPR), mikrofluidika jne. Aptameeri afiinsust väljendatakse tavaliselt dissotsiatsioonikonstandiga (KD), mis on füüsikaline suurus, mida kasutatakse molekulaarse dissotsiatsiooni astme kvantifitseerimiseks pöörduvas reaktsioonis. Mida väiksem on KD väärtus, seda stabiilsem on kompleks, st seda tugevam on afiinsus; vastupidi, mida suurem on KD väärtus, seda ebastabiilsem on kompleks ja seda nõrgem on afiinsus. See samm on võtmetähtsusega aptameeri toimivuse kindlakstegemisel, tagades aptameeri afiinsuse küpsemise ja selle võime seonduda sihtmolekuliga suure afiinsuse ja selektiivsusega praktilistes rakendustes.

Joonis 1. Aptameeri afiinsusküpsemise protsess. Allikas:Kinghorn AB, Fraser LA, 2017.

Funktsioonide kontrollimine

Lisaks afiinsuse kontrollimisele tuleb kontrollida ka aptameeri funktsiooni. See hõlmab aptameeri stabiilsuse, spetsiifilisuse ja interaktsioonide kontrollimist teiste molekulidega konkreetses keskkonnas. Funktsionaalse kontrolli tulemused mõjutavad otseselt aptameeride väärtust teadusuuringutes ja tööstuslikes rakendustes.

Spetsiifiline kontroll

Võistluskatse: aptameeri võimet seonduda kindla sihtmärgiga hinnatakse teiste sarnaste sihtmärkide juuresolekul. Kui aptameer suudab spetsiifiliselt seonduda sihtmolekuliga ilma teiste molekulide sekkumiseta, näitab see, et sellel on kõrge spetsiifilisus.

Ristreaktsiooni katse: aptameer seotakse mitmete omavahel seotud või mitteseotud sihtmärkidega, et näha, kas see seondub ainult kindla sihtmärgiga, et kontrollida selle spetsiifilisust.

Stabiilsuse kontrollimine

Nukleaaside lagunemise katse: Aptameere eksponeeriti erinevatele nukleaaside kontsentratsioonidele ja jälgiti nende lagunemist. Lagunemise määra võrdlemisel erinevatel ajahetkedel saab hinnata aptameeri antinukleaaside lagunemise võimet.

Temperatuuri ja aja stabiilsuse katse: Aptameer paigutati erinevate temperatuuride ja ajatingimuste alla, et jälgida selle struktuurilist ja funktsionaalset stabiilsust. See aitab määrata aptameeride optimaalsed säilitus- ja kasutustingimused.

Bioloogilise aktiivsuse identifitseerimine

Sobiv meetod valitakse tavaliselt vastavalt nukleiinhappe aptameeri konkreetsele rakenduslikule eesmärgile.

(1) Molekulaarse taseme testimine: molekulaarbioloogia tehnikate, näiteks geelelektroforeesi, Western bloti jms kasutamine komplekside tuvastamiseks, mis tekivad pärast aptameeri ja sihtmolekuli ühinemist, või aptameeri põhjustatud muutuste tuvastamiseks sihtmolekuli ekspressioonitasemes.

(2) Rakutaseme testimine: rakukultuuri tehnoloogia abil inkubeeritakse aptameere sihtrakkudega, et jälgida bioloogilisi muutusi, nagu rakkude morfoloogia, proliferatsioon ja apoptoos, ning hinnata aptameeride bioloogilist aktiivsust.

(3) Loommudelite testimine: Sobivates loommudelites manustatakse nukleiinhappe aptameere süstimise või ravimi manustamise teel ning loomade füsioloogilisi näitajaid ja patoloogilisi muutusi jälgitakse, et hinnata aptameeride bioloogilist aktiivsust ja ohutust in vivo.