Aptameerin karakterisointianalyysipalvelu

Alpha Lifetech on tarjonnut aptameereihin liittyviä palveluita jo vuosia ja pystyy tällä hetkellä tarjoamaan kattavia aptameerien kehitysmenetelmiä, kuten aptameerien synteesiä, SELEX-seulontaa, suuren läpimenon sekvensointia sekä aptameerien optimointia ja karakterisointia. SELEX-menetelmän etujen perusteella aptameerien seulonnassa Alpha Lifetech on laajentanut aptameerien seulontamenetelmiä.

Johdatus aptameerin karakterisointianalyysiin

Affiniteetin varmennus

Optimoitu aptameerin affiniteetti varmistettiin asiaankuuluvilla aptameerin sitoutumismäärityksen tekniikoilla. Esimerkkejä ovat isoterminen titrauskalorimetria (ITC), virtaussytometria (FCM) ja pintaplasmoniresonanssi (SPR), mikrofluidiikka jne. Aptameerin affiniteetti ilmaistaan yleensä dissosiaatiovakiolla (KD), joka on fysikaalinen suure, jota käytetään molekyylin dissosiaatioasteen kvantifiointiin palautuvassa reaktiossa. Mitä pienempi KD-arvo on, sitä stabiilimpi kompleksi on eli sitä vahvempi on affiniteetti. Kääntäen, mitä suurempi KD-arvo on, sitä epästabiilimpi kompleksi on ja sitä heikompi on affiniteetti. Tämä vaihe on avain aptameerin suorituskyvyn tunnistamiseen, varmistaen aptameerin affiniteetin kypsymisen ja sen, että se voi sitoutua kohdemolekyyliin suurella affiniteetilla ja selektiivisyydellä käytännön sovelluksissa.

Kuva 1. Aptameerin affiniteettikypsymisen prosessi. Lähde:Kinghorn AB, Fraser LA, 2017.

Toiminnan varmennus

Affiniteetin varmentamisen lisäksi aptameerin toiminta on varmennettava. Tämä sisältää aptameerin stabiilisuuden, spesifisyyden ja vuorovaikutusten muiden molekyylien kanssa tietyssä ympäristössä varmentamisen. Toiminnallisen varmennuksen tulokset vaikuttavat suoraan aptameerien arvoon tieteellisessä tutkimuksessa ja teollisissa sovelluksissa.

Erityinen varmennus

Kilpaileva koe: Aptameerin kykyä sitoutua tiettyyn kohteeseen arvioidaan muiden samankaltaisten kohteiden läsnä ollessa. Jos aptameeri voi sitoutua spesifisesti kohdemolekyyliin ilman muiden molekyylien häiriöitä, se osoittaa, että sillä on korkea spesifisyys.

Ristireaktiokoe: Aptameeri sidotaan sarjaan toisiinsa liittyviä tai toisiinsa liittymättömiä kohteita, jotta nähdään, sitoutuuko se vain tiettyyn kohteeseen, ja varmistetaan sen spesifisyys.

Vakauden varmennus

Nukleaasien hajoamiskoe: Aptameerejä altistettiin eri nukleaasipitoisuuksille ja niiden hajoamista havaittiin. Vertaamalla hajoamisastetta eri aikapisteissä voidaan arvioida aptameerin anti-nukleaaseja hajottavaa kykyä.

Lämpötila- ja aikastabiiliuskoe: Aptameeri asetettiin erilaisiin lämpötila- ja aikaolosuhteisiin sen rakenteellisen ja toiminnallisen stabiilisuuden havaitsemiseksi. Tämä auttaa määrittämään aptameerien optimaaliset säilytys- ja käyttöolosuhteet.

Biologisen aktiivisuuden tunnistaminen

Sopiva menetelmä valitaan yleensä nukleiinihappoaptameerin erityisen käyttötarkoituksen mukaan.

(1) Molekyylitason testaus: Käytetään molekyylibiologian tekniikoita, kuten geelielektroforeesia, Western blot -analyysia jne., aptameerin ja kohdemolekyylin yhdistymisen jälkeen muodostuneiden kompleksien havaitsemiseksi tai aptameerin aiheuttamien kohdemolekyylin ilmentymistasossa tapahtuvien muutosten havaitsemiseksi.

(2) Solutason testaus: Soluviljelyteknologiaa käyttämällä aptameerejä inkuboidaan kohdesolujen kanssa biologisten muutosten, kuten solumorfologian, proliferaation ja apoptoosin, havaitsemiseksi ja aptameerien biologisen aktiivisuuden arvioimiseksi.

(3) Eläinmallitestaus: Sopivissa eläinmalleissa nukleiinihappoaptameerejä annetaan injektiona tai lääkeaineena, ja eläinten fysiologisia indikaattoreita ja patologisia muutoksia tarkkaillaan aptameerien biologisen aktiivisuuden ja turvallisuuden arvioimiseksi in vivo.

KACHI