Le choix du tampon doit tenir compte de la stabilité de la cible, du microenvironnement de liaison et de la minimisation des liaisons non spécifiques dans le contexte de l'application. L'utilisation de protéines non apparentées, de détergents non ioniques et de concentrations salines physiologiques contribue à réduire le bruit de fond. D'autres conditions peuvent également être nécessaires : certaines cibles peuvent exiger l'ajout de cations divalents ou d'autres cofacteurs au tampon ; les cofacteurs protéiques peuvent être cofixés avec la cible, ajoutés au tampon de tri, voire utilisés pour la capture de la cible.

Les facteurs couramment pris en compte pour la pression de sélection comprennent la concentration des molécules cibles, le temps de liaison, l'intensité du lavage, etc. D'autres techniques permettant d'accroître la pression de sélection incluent l'utilisation de dénaturants (tels que les acides, l'urée et la guanidine), de solvants organiques, l'augmentation de la température ou l'augmentation de la concentration des ligands ou cibles concurrents dans le tampon de lavage.
Parmi ces étapes, la première phase de criblage est cruciale. Elle consiste à capturer un maximum de clones positifs à partir de la banque de phages construite, tout en éliminant les clones non spécifiques. L'utilisation de cibles à revêtement poreux ou d'un grand nombre de cibles solubles permet de garantir la capture d'un grand nombre de phages liés et ainsi de préserver la diversité de la banque. Lors des phases de criblage suivantes, la pression de sélection doit être accrue par l'augmentation de l'enrichissement, la multiplication des lavages et l'allongement de leur durée, permettant ainsi de sélectionner les clones présentant une forte affinité.

Le processus de criblage consiste à rechercher toutes les substances présentes sur les conjugués d'antigènes, telles que les étiquettes, les protéines de fusion et les supports. L'élimination des non-cibles permet de limiter l'enrichissement en anticorps autres que ceux dirigés contre l'antigène cible.
Les cellules entières, les liposomes, les disques de nanophospholipides et les VLPs peuvent être testés négativement à l'aide de cellules transfectées simulées ou de cellules non transfectées lors du criblage de lignées cellulaires transfectées.
Élimination des mélanges d'antigènes complexes. Un criblage négatif strict peut être effectué pour les molécules cibles inconnues ou complexes, telles que des cellules entières ou des protéines impures.
La stratégie des anticorps contre des sites spécifiques d'antigènes consiste soit à éluer l'anticorps capable de concurrencer le ligand en ajoutant une forte concentration de ligands, soit à bloquer l'anticorps.

La découverte d'anticorps revêt une importance croissante en médecine moderne. Différentes approches existent, mais la technologie du phage display est de plus en plus utilisée en sciences médicales. Depuis 1990, différents formats d'anticorps ont été employés pour construire des banques de phages, notamment les VH, les VHH, les scFv, les diabodies et les anticorps Fab.
Les banques de peptides de phages permettent la détermination rapide de la séquence des épitopes protéiques et sont devenues un outil puissant pour étudier l'interaction entre les épitopes et les récepteurs d'antigènes.
*Les fragments d'anticorps sont fusionnés au G3P du phage M13, et en clonant un grand nombre de gènes codant pour un fragment d'anticorps, de grandes banques d'anticorps de phage display peuvent être générées à partir desquelles de nombreux anticorps divers peuvent être sélectionnés.
*Le système d'affichage de phages T7 présente de nombreux avantages, notamment sa simplicité, sa grande sécurité, sa stabilité, sa facilité de stockage et de transport ; c'est pourquoi il est utilisé dans les vaccins préventifs et thérapeutiques.
*Le système d'affichage de phages T7 peut détecter divers antigènes, tels que les antigènes de surface de micro-organismes pathogènes et les antigènes cancéreux.