Service d'analyse des interactions protéine-protéine

Alpha Lifetech peut également fournir à ses clients des tests de protéines, des analyses d'interactions protéiques, des tests d'interactions protéine-protéine (CO-IP, Western Blot, test d'immunoprécipitation de la chromatine) et des tests de fonction protéique afin de répondre aux besoins expérimentaux de différents clients.

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Service d'analyse des interactions protéine-protéine

Alpha Lifetech s'est investie depuis de nombreuses années dans les analyses de protéines, a développé une plateforme solide pour l'analyse de la fonction des protéines et maîtrise divers moyens techniques pour vérifier l'interaction des protéines, ce qui permet de gagner du temps dans la recherche scientifique ou la recherche de projets tout en fournissant des résultats stables.

Introduction au test d'interaction protéine-protéine

Les protéines sont les molécules exécutives les plus importantes de toute forme de vie, répondant aux instructions contenues dans le matériel génétique. Le plus souvent, les protéines exercent leurs fonctions en interagissant avec d'autres protéines, ce qui est plus évident lorsqu'on examine la fonction d'une protéine dans le contexte cellulaire. L'identification des interactions protéiques est cruciale pour l'étude biochimique d'une protéine donnée. Voici quelques exemples d'analyse des interactions protéiques courantes :

Test de co-immunoprécipitation

Le principe de la méthode de co-immunoprécipitation consiste à mélanger la protéine cible, l'anticorps spécifique et les billes magnétiques de protéine A/G pour incubation ; le surnageant de la protéine non liée est éliminé par adsorption sur le support magnétique ; et les billes magnétiques sont lavées pour éliminer la protéine et autres impuretés, sauf celles spécifiquement liées.

Fig.1 Schéma des essais de co-immunoprécipitation.(Source de référence : Test de co-immunoprécipitation - PubMed (nih.gov))

Essai de pull-down

Le test d'affinité consiste à fixer la protéine connue sur une bille magnétique, puis à ajouter la substance à détecter. L'éluant est ensuite analysé afin de détecter l'adsorption des protéines interagissantes.

En 1988, Smith et al. ont purifié une protéine de fusion GST, qui a été utilisée dans des tests d'affinité et est appelée Gst pull down, qui consiste à ajouter une étiquette GST à la protéine cible, à capturer la protéine interagissante via le GSH, à éluer la liaison et à la vérifier par des tests WB.

Fig.2 Schéma des tests d'affinité GST.(Source de référence : Test d'interaction GST Pull-Down pour étudier la liaison de PIF4 in vitro - PubMed (nih.gov) )

Sa méthode consiste à utiliser des ions métalliques tels que le nickel ou le cobalt comme milieu, à purifier la protéine par chromatographie d'affinité et à éluer la liaison par une expérience de Western blot pour vérification.

De plus, il existe des tests d'extraction d'ADN (test de liaison protéine-ADN), d'extraction d'ARN (test d'interaction protéine-ARN) et d'extraction de petites molécules.

Le test d'affinité protéine-ADN (DNA Pull-down) est une méthode in vitro permettant de déterminer la liaison des protéines à l'ADN. La liaison de protéines spécifiques à l'ADN cible est détectée par Western blot (WB). Les fragments d'ADN inconnus liés aux protéines sont identifiés par spectrométrie de masse (MS).

Le test d'interaction protéine-ARN (RNA Pull-down) est une méthode in vitro permettant de déterminer la liaison de l'ARN aux protéines. La liaison de protéines spécifiques à l'ARN cible est détectée par Western blot (WB). Les fragments d'ARN inconnus liés aux protéines sont identifiés par spectrométrie de masse (MS).

Le test SM pull-down (tests de pull-down de petites molécules) permet de trouver des protéines cibles qui se lient spécifiquement à de petites molécules et, lorsqu'il est combiné à la spectrométrie de masse, les protéines cibles de petites molécules peuvent être criblées avec précision, ce qui peut être divisé en méthode de marquage in vitro et méthode orthogonale biologique.

Expérience WB

L'expérience WB (également appelée Western Blot) repose sur la réaction spécifique entre un antigène et un anticorps. Son principe consiste à séparer les protéines dénaturées par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS (SDS-PAGE) et à les transférer sur un support solide (membrane PVDF, membrane NC, etc.) par transfert (rotation humide ou semi-sèche). Après blocage (avec de la BSA, du babeurre, etc.), un anticorps primaire est appliqué pour se lier spécifiquement à la protéine cible. Après lavage, un anticorps secondaire marqué à la fluorescéine est ajouté. La liaison de l'anticorps secondaire à l'anticorps primaire permet la révélation de la protéine cible par coloration du substrat et chimiluminescence. Cette technique est généralement utilisée pour déterminer l'expression d'une protéine spécifique dans un échantillon et évaluer approximativement son niveau d'expression.

Comparaison des méthodes d'interaction protéine-protéine

Les tests d'interaction protéine-protéine (pull-down) sont similaires aux tests de co-immunoprécipitation (Co-IP), tous deux appartenant à la catégorie des expériences de détection des interactions protéiques. La différence réside dans le fait que les tests Co-IP permettent d'identifier les protéines interagissant avec des protéines connues, ce qui offre une certaine fiabilité mais ne permet pas de déterminer si l'interaction est directe ou indirecte. Les tests d'interaction protéine-protéine, quant à eux, visent à identifier une protéine inconnue interagissant avec une protéine connue. Ils permettent de confirmer directement l'interaction entre la protéine connue et la protéine détectée, mais ne permettent pas de déterminer les conditions de liaison in vivo.

La technologie de co-immunoprécipitation est utilisée pour analyser l'existence d'une interaction entre deux ou plusieurs protéines, sur la base d'expériences d'immunoprécipitation. Comparée à d'autres techniques expérimentales d'analyse des interactions protéiques (GST Pull-down, Western Blot, test d'immunoprécipitation de la chromatine, etc.), la technologie Co-IP présente une spécificité, une sensibilité et une répétabilité plus élevées, ce qui permet d'éviter les interférences dues aux liaisons non spécifiques et de refléter l'interaction des protéines à l'état naturel.

	Dérouler la TPS	Co-IP	WB
Avantage	Facile à utiliser *Convient à la purification de diverses protéines	Pour l'analyse des interactions in vivo Elle peut être identifiée avec une protéine en aval	Forte spécificité Évaluation qualitative et quantitative in vitro
Limitation	*Liaison non spécifique possible Une validation plus poussée de l'interaction est nécessaire.	Forte dépendance aux anticorps *Des liaisons non spécifiques peuvent se produire	Prend du temps Difficile à utiliser pour l'analyse des protéines à grande échelle
Exemple d'application	*Identifier les interactions Complexe protéique purifié	*Étude de la transduction du signal Mécanisme de la maladie	Analyse ultérieure des interactions protéine-protéine, protéine-ADN et protéine-ARN