Aptamer razvojna platforma

Aptameri su jednolančani oligonukleotid (DNA, RNA ili XNA) sa svojstvom visokog afiniteta i visoke specifičnosti koji se specifično vežu na ciljne molekule poput protutijela, a intenzivno se koriste za razvoj biosenzora, dijagnostiku i terapiju.

Platforma aptamera koju pruža Alpha Lifetech uključuje dvije kategorije: platformu za sintezu aptamera, koja uglavnom uključuje SELEX uslugu sinteze knjižnice aptamera i uslugu razvoja aptamera (DNA, RNA ili XNA), i platformu za probir aptamera uključujući usluge probira temeljene na SELEX tehnologiji za proteine, peptide, stanice, male molekule, metalne ione i druge ciljne molekule, kao i nizvodne usluge optimizacije aptamera i analize identifikacije.

Platforma za sintezu aptamera

Usluga sinteze knjižnice SELEX aptamera

SELEX usluga sinteze biblioteke aptamera uglavnom uključuje konstruiranje biblioteke koja sadrži veliki broj nasumičnih jednolančanih oligonukleotidnih sekvenci in vitro kemijskom sintezom prema ciljnim molekulama. Konstrukcija biblioteke je početna točka SELEX tehnologije, koja pruža obilje sekvenci kandidata za naknadni proces pretraživanja konstruiranjem ogromnih nasumičnih biblioteka i povećava mogućnost pretraživanja aptamera visokog afiniteta.

Sinteza knjižnice uglavnom je podijeljena u sljedeće korake:

Koraci	Pojedinosti o tehnologiji
Identificirajte ciljne molekule	Identificirajte ciljne molekule koje je potrebno ispitati na aptamere, a to mogu biti proteini, nukleinske kiseline, male molekule, metalni ioni itd.
Dizajn slučajnog slijeda	Duljina nasumične sekvence, osnovni sastav i drugi parametri dizajnirani su prema karakteristikama ciljnih molekula i zahtjevima za probir. Tipično, nasumične sekvence duge su između desetaka i stotina baza.
Sinteza fiksnih nizova	Dizajnirani su i sintetizirani oligonukleotidni fragmenti s fiksnim sekvencama (kao što su sekvence početnica za PCR) na oba kraja, koji će se koristiti u naknadnom procesu amplifikacije i pretraživanja.

Sintetiziranu biblioteku još treba dodatno obraditi radi kontrole kvalitete. Koncentracija biblioteke određena je kako bi se osigurala njezina primjenjivost u naknadnom procesu pretraživanja. Raznolikost i točnost nasumičnih nizova u knjižnici potvrđeni su sekvenciranjem i drugim metodama kako bi se osiguralo da kvaliteta knjižnice zadovoljava zahtjeve provjere.

Kroz gornje korake može se sintetizirati visokokvalitetna i vrlo raznolika knjižnica SELEX aptamera, koja može osigurati obilje sekvenci kandidata za kasniji proces pretraživanja.

Usluge razvoja aptamera (DNA, RNA ili XNA)

Aptameri se obično odnose na aptamere nukleinskih kiselina. Aptameri nukleinskih kiselina uključuju aptamere DNA, aptamere RNA i aptamere XNA koji su kemijski modificirani aptameri nukleinskih kiselina. SELEX tehnika naširoko se koristi za razvoj aptamera. Osnovni tijek rada usluga razvoja aptamera uključuje konstrukciju biblioteke, ciljno vezanje, izolaciju i pročišćavanje, pojačanje, višestruke runde pregleda i identifikaciju sekvence. Dugi niz godina fokusirani smo na izgradnju knjižnica i bogato iskustvo u razvoju aptamera. Posvećeni smo pružanju boljih usluga korisnicima.

SELEX tehnološki proces

Proces SELEX sastoji se od više krugova, od kojih se svaki sastoji od sljedećih ključnih koraka:

Biblioteka i ciljno uvezivanje

Konstruirana biblioteka nukleinskih kiselina pomiješana je sa specifičnim ciljnim molekulama (kao što su proteini, spojevi malih molekula, itd.), tako da sekvence nukleinskih kiselina u biblioteci imaju priliku vezati se na ciljne molekule.

Izolacija nevezanih molekula

Sekvence nukleinske kiseline koje nisu vezane na ciljnu molekulu odvajaju se od smjese posebnim metodama kao što je afinitetna kromatografija, odvajanje magnetskih kuglica itd.

Amplifikacija veznih molekula

Sekvenca nukleinske kiseline vezana na ciljnu molekulu se umnožava, obično pomoću tehnologije lančane reakcije polimeraze (PCR). Za sljedeću fazu probira, amplificirane sekvence će se koristiti kao početna biblioteka.

Slika 1: SELEX proces skrininga

Platforma za probir Aptamera

Usluga skrininga aptamera

Alpha Lifetech nudi širok raspon specijaliziranih usluga probira aptamera primjenom različitih SELEX metodologija za različite vrste vaših molekula:

Vrste ciljeva	Tehnički detalji
Pregled proteinskih aptamera pomoću SELEX-a	Glavna svrha probira proteinskih aptamera je probirati aptamere koji se mogu specifično vezati na ciljane proteinske molekule. Ove aptamere je jednostavnije sintetizirati, stabilniji su i manje osjetljivi na čimbenike okoliša.
Probir peptidnih aptamera pomoću SELEX-a	Peptidni aptameri su klasa kratkih peptidnih sekvenci s visokom specifičnošću i afinitetom, koji se mogu specifično vezati na ciljne tvari i pokazuju širok raspon mogućnosti primjene u biomedicinskom polju. Kroz specifičan proces pretraživanja, peptidni aptameri koji se mogu specifično vezati na ciljne molekule pretražuju se iz velikog broja biblioteka slučajnih sekvenci peptida.
Probir aptamera specifičnih za stanice (Cell-SELEX)	Ciljne stanice ili specifične molekule na površini stanice pripremaju se kao mete. Mete mogu biti cijele stanice, receptori na staničnoj membrani, proteini ili druge male molekule.
Probir aptamera malih molekula Capture SELEX-om	Capture SELEX je in vitro tehnika probira za probir aptamera malih molekula, koja je varijanta SELEX-a. Capture SELEX posebno je prikladan za aptamerski skrining malih molekularnih ciljeva, koji obično imaju manje funkcionalnih skupina i teško ih je imobilizirati izravno na čvrste nosače.
SELEX usluge temeljene na živim životinjama	Usluga probira na živim životinjama eksperimentalna je tehnika koja se naširoko koristi u poljima bioznanosti, medicine i biotehnologije, koja koristi žive životinje kao eksperimentalne modele za probir i procjenu specifičnih molekula, lijekova, terapeutskih ili bioloških procesa. Usluge su osmišljene za simulaciju fiziološkog okruženja u ljudskom tijelu kako bi se točnije predvidjela i procijenila učinkovitost i sigurnost eksperimentalnih rezultata u ljudskom tijelu.

Usluga optimizacije Aptamera

Hidrofilnost, veliki gubitak afiniteta tijekom proizvodnje i brzo izlučivanje aptamera ograničavaju njihovu primjenu. Trenutačno su istražene različite metode optimizacije kako bi se poboljšala izvedba aptamera.

Također imamo niz načina za optimizaciju aptamera koji se sastoje od skraćivanja, modifikacija, konjugacije na odgovarajuću skupinu (tiol, karboksi, amin, fluorofor itd.).

Usluga analize karakterizacije aptamera

Usluga analize karakterizacije aptamera odnosi se na profesionalnu uslugu razlučivanja strukture ocjenjivanja performansi i funkcionalne verifikacije dobivenog aptamera kako bi se osiguralo da aptamer ispunjava zahtjeve specifične sposobnosti vezivanja, stabilnosti i specifičnosti. Uglavnom uključuje analizu afiniteta i specifičnosti, procjenu stabilnosti i provjeru biološke funkcije.