Layanan Analisis Karakterisasi Aptamer

Alpha Lifetech telah menyediakan layanan terkait aptamer selama bertahun-tahun, dan saat ini dapat menyediakan skema pengembangan aptamer yang komprehensif seperti sintesis aptamer, penyaringan SELEX, pengurutan berthroughput tinggi, serta pengoptimalan dan karakterisasi aptamer. Berdasarkan keunggulan metode SELEX untuk penyaringan aptamer, Alpha Lifetech telah memperluas lebih banyak metode untuk penyaringan aptamer.

Pengantar Analisis Karakterisasi Aptamer

Verifikasi afinitas

Afinitas aptamer yang dioptimalkan diverifikasi oleh teknik-teknik yang relevan dari uji pengikatan aptamer. Contohnya termasuk Kalorimetri Titrasi Isotermal (ITC), Flow Cytometry (FCM), dan Resonansi Plasmon Permukaan (SPR), Mikrofluida, dll. Afinitas aptamer biasanya dinyatakan oleh konstanta disosiasi (KD), kuantitas fisik yang digunakan untuk mengukur derajat disosiasi molekuler dalam reaksi reversibel. Semakin kecil nilai KD, semakin stabil kompleksnya, yaitu semakin kuat afinitasnya; Sebaliknya, semakin besar nilai KD, semakin tidak stabil kompleksnya dan semakin lemah afinitasnya. Langkah ini adalah kunci untuk mengidentifikasi kinerja aptamer, memastikan pematangan afinitas aptamer dan dapat mengikat molekul target dengan afinitas dan selektivitas tinggi dalam aplikasi praktis.

Gambar 1 Proses pematangan afinitas aptamer. Sumber referensi:Kinghorn AB, Fraser LA, 2017.

Verifikasi fungsi

Selain verifikasi afinitas, fungsi aptamer perlu diverifikasi. Ini termasuk memverifikasi stabilitas, spesifisitas, dan interaksi aptamer dengan molekul lain dalam lingkungan tertentu. Hasil verifikasi fungsional akan secara langsung memengaruhi nilai aptamer dalam penelitian ilmiah dan aplikasi industri.

Verifikasi Spesifik

Eksperimen kompetitif: Kemampuan aptamer untuk mengikat target tertentu dievaluasi dengan adanya target serupa lainnya. Jika aptamer dapat mengikat secara spesifik pada molekul target tanpa gangguan dari molekul lain, ini menunjukkan bahwa aptamer memiliki spesifisitas tinggi.

Percobaan reaksi silang: Aptamer diikatkan pada serangkaian target terkait atau tidak terkait untuk melihat apakah ia hanya mengikat target tertentu, sehingga dapat memverifikasi spesifisitasnya.

Verifikasi stabilitas

Percobaan degradasi nuklease: Aptamer terpapar pada berbagai konsentrasi nuklease dan degradasinya diamati. Dengan membandingkan tingkat degradasi pada berbagai titik waktu, kemampuan antidegradasi nuklease dari aptamer dapat dievaluasi.

Percobaan stabilitas suhu dan waktu: Aptamer ditempatkan pada suhu dan waktu yang berbeda untuk mengamati stabilitas struktural dan fungsionalnya. Hal ini membantu menentukan kondisi penyimpanan dan penggunaan aptamer yang optimal.

Identifikasi aktivitas biologis

Metode yang tepat biasanya dipilih berdasarkan tujuan aplikasi spesifik aptamer asam nukleat.

(1) Pengujian tingkat molekuler: Menggunakan teknik biologi molekuler, seperti elektroforesis gel, Western blot, dll., untuk mendeteksi kompleks yang terbentuk setelah aptamer bergabung dengan molekul target, atau mendeteksi perubahan tingkat ekspresi molekul target yang disebabkan oleh aptamer.

(2) Pengujian tingkat sel: Dengan menggunakan teknologi kultur sel, aptamer diinkubasi dengan sel target untuk mengamati perubahan biologis seperti morfologi sel, proliferasi dan apoptosis, dan mengevaluasi aktivitas biologis aptamer.

(3) Pengujian model hewan: Pada model hewan yang sesuai, aptamer asam nukleat diberikan melalui suntikan atau pemberian obat, dan indikator fisiologis serta perubahan patologis hewan diamati untuk mengevaluasi aktivitas biologis dan keamanan aptamer secara in vivo.