C5 adalah komplemen dalam darah organisme dan merupakan molekul pertama yang mampu menyebabkan kerusakan pada MAC. Protein C5 terdiri dari rantai α dan β, dan domain protein C5 terdiri dari 4 bagian dengan 1669 asam amino. Sistem komplemen dapat diaktifkan melalui tiga jalur berbeda, di antaranya komplemen C5 merupakan produk aktivasi yang sangat penting dalam sistem komplemen tubuh. Dalam salah satu dari ketiga jalur tersebut, hasilnya adalah C5 telah pecah. C5 lyase memecah C5 menjadi C5a dan C5b, yang keduanya memiliki peran berbeda.

Setelah C5a berikatan dan kemudian mengaktifkan C5aR, hal itu akan menyebabkan berbagai efek dalam tubuh, seperti mengaktifkan sel dan mengekspresikan faktor inflamasi, dan C5a juga memainkan peran penting dalam asma dan penyakit inflamasi. Selain itu, C5aR1 dan C5aR1 juga memainkan peran utama dalam penyakit Alzheimer dan kanker.

Protein C5b-9 pada MAC merupakan produk akhir setelah sistem komplemen diaktifkan. Protein C5b-9 terbentuk dari beberapa protein, seperti C5b dengan C6, C9, C7, C8, dan beberapa C9, dan protein C5b-9 muncul di permukaan membran sel. Pembentukan akhir C5b-9 dapat menciptakan pori-pori membran sel, dengan menempatkan dirinya di antara celah lapisan ganda membran. Hal ini menyebabkan membran tubuh tampak rusak, sel-sel tampak larut, sehingga menyebabkan kerusakan pada tubuh. Pada saat yang sama, C5b-9 juga dipengaruhi oleh CD59. Jika CD59 berikatan, produksi C5b-9 akan terpengaruh, sehingga melindungi sel-sel tubuh agar tidak rusak oleh C5b-9. Selain itu, C5b-9 dapat menyebabkan kematian sel dengan cara lain, sehingga menyebabkan tubuh merespons.