Layanan Sintesis Aptamer SELEX
Pengantar Aptamer SELEX
Aptamer SELEX, atau teknologi SELEX, adalah teknik untuk menyaring aptamer dengan afinitas tinggi terhadap material target dari pustaka acak sekuens asam nukleat untai tunggal. Teknologi SELEX merupakan teknologi penyaringan in vitro. Ide dasar teknologi SELEX adalah mensintesis pustaka oligonukleotida rantai tunggal secara in vitro. Teknologi ini menggunakan pustaka oligonukleotida acak berkapasitas besar (biasanya terdiri dari sekuens tetap di kedua ujungnya dan sekuens acak 20 hingga 40 basa di tengahnya) untuk berinteraksi dengan molekul target melalui penyaringan dan amplifikasi berulang. Aptamer asam nukleat yang memiliki afinitas tinggi terhadap material target diisolasi dan dimurnikan, sementara molekul asam nukleat yang tidak berikatan dengan material target atau memiliki afinitas tinggi terhadapnya akan dicuci. Aptamer ini (juga dikenal sebagai aptamer SELEX) memiliki keunggulan berat molekul kecil, stabilitas tinggi, serta sintesis dan modifikasi yang sederhana. Mereka adalah molekul RNA atau DNA untai pendek yang dapat terlipat menjadi struktur 3D kompleks dan mengikat kuat ke molekul target seperti protein, sel, molekul kecil, dan bahkan patogen.
Aptamer SELEX menyediakan perangkat molekuler baru untuk penelitian biomedis, pengembangan obat, identifikasi penyakit, dan pengobatan. Aptamer ini tidak hanya berfungsi sebagai perangkat penelitian untuk mengeksplorasi interaksi biomolekuler, tetapi juga memiliki potensi besar sebagai agen terapeutik baru, probe diagnostik, atau wahana penghantaran tertarget.
Pengantar Skrining Aptamer SELEX
Tahap krusial dari prosedur ini adalah penyaringan SELEX, yang memerlukan beberapa siklus amplifikasi dan seleksi. Setelah setiap putaran inkubasi pustaka oligonukleotida acak dengan molekul target, hanya aptamer spesifik target pengikat yang diidentifikasi dan diamplifikasi melalui PCR (reaksi berantai polimerase) untuk digunakan pada putaran penyaringan berikutnya.
Proses spesifiknya adalah sebagai berikut:
Pembangunan perpustakaan
Membangun pustaka asam nukleat melalui sintesis kimia yang mengandung sejumlah besar sekuens acak, yang biasanya berupa pustaka oligonukleotida untai tunggal yang terdiri dari DNA atau RNA. Pustaka aptamer untuk SELEX disintesis melalui sintesis oligonukleotida fosforamidit fase padat konvensional. Sekuens dalam pustaka ini sangat beragam dan mampu mencakup berbagai situs pengikatan potensial.

Gambar 1. Proses pembangunan perpustakaan. Sumber referensi: Bab aptamer asam nukleat
Pengikatan molekul target
Pustaka yang telah dibangun dicampur dengan molekul target (seperti protein, molekul kecil, sel, dll.), sehingga oligonukleotida dalam pustaka dapat berinteraksi dengan molekul target. Pada langkah ini, beberapa oligonukleotida membentuk kompleks stabil dengan molekul target.
Isolasi dan amplifikasi
Oligonukleotida yang terikat pada molekul target diisolasi dari perpustakaan dengan metode pemisahan spesifik. Selanjutnya, dengan menggunakan teknik amplifikasi in vitro, termasuk reaksi berantai polimerase (PCR), oligonukleotida yang terikat mengalami amplifikasi eksponensial, sehingga menghasilkan perpustakaan baru untuk putaran penyaringan berikutnya.
Beberapa putaran penyaringan
Urutan asam nukleat yang telah teramplifikasi diikat kembali ke molekul target, dan langkah-langkah pemisahan serta amplifikasi di atas diulang. Melalui beberapa putaran penyaringan, urutan asam nukleat dengan afinitas dan spesifisitas tinggi terhadap molekul target secara bertahap diperkaya. Satu percobaan dapat secara simultan menentukan urutan jutaan hingga miliaran molekul DNA atau RNA, sehingga meningkatkan throughput sekuensing secara signifikan. Dibandingkan dengan teknologi sekuensing Sanger tradisional, teknologi sekuensing throughput tinggi memiliki keunggulan yang jelas dalam hal panjang sekuens dan akurasi sekuensing.

Gambar 2: Sintesis Aptamer dengan teknologi SELEX
Pengurutan SELEX
Setelah menyaring kandidat aptamer untuk langkah pengurutan, pengurutan SELEX dapat mengungkapkan urutan nukleotida spesifik dari aptamer tersebut. Dalam beberapa putaran penyaringan SELEX, sampel asam nukleat dikumpulkan setelah setiap putaran penyaringan. Sampel asam nukleat yang terkumpul diurutkan menggunakan teknologi pengurutan berthroughput tinggi (seperti NGS) untuk mendapatkan informasi urutan aptamer asam nukleat setelah setiap putaran penyaringan.
Prinsip inti dari teknologi pengurutan berthroughput tinggi adalah menggunakan teknologi chip gen untuk memecah sampel DNA atau RNA secara acak menjadi fragmen-fragmen kecil, kemudian melalui langkah-langkah konstruksi pustaka, amplifikasi, fiksasi fragmen, pengurutan paralel, identifikasi basa, serta pengumpulan dan analisis data, pengurutan tersebut dilakukan satu per satu dan disambung menjadi suatu urutan genom lengkap.
Keunggulan Teknologi SELEX

Ukuran kecil
Aptamer memiliki penetrasi yang kuat dan mudah dihilangkan secara in vivo. Sifat-sifat ini memberikan keuntungan ideal untuk aplikasi aptamer dalam penemuan obat, diagnosis penyakit, dan pengobatan.

Kapasitas perpustakaan besar
Teknologi SELEX dapat menyaring aptamer dari perpustakaan yang berisi sejumlah besar urutan acak.

Spesifisitas yang luar biasa
Aptamer memiliki kemampuan untuk membedakan antara zat-zat dengan struktur serupa, menunjukkan spesifisitas yang tinggi.

Afinitas yang sangat baik
Aptamer yang disaring biasanya menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat kuat terhadap zat target.

Kemampuan beradaptasi yang luas
Teknologi SELEX dapat menangani berbagai macam molekul target, termasuk protein, asam nukleat, molekul kecil bahan organik, dan bahkan ion logam.

Cepat dan efisien
Teknologi pengurutan throughput tinggi telah meningkatkan efisiensi dan akurasi pengurutan, menjadikan pengurutan SELEX sebagai metode analisis yang cepat dan efisien.
Jika Anda memiliki pertanyaan, jangan ragu untuk menghubungi kami kapan saja.
Leave Your Message
0102



Tanggal 16 Juli 2018 

