Aptamer hagræðingarþjónusta

Aptamerar eru einkeðju oligonúkleótíð sem geta bundist sértækt við marksameindir. Þau mynda sértæka þrívíddarbyggingu eftir aðlögunarhæfa fellingu í gegnum ýmsa víxlverkunarkrafta eins og pörun núkleótíðbasa, vetnistengi, π-π staflan, rafstöðuafl o.s.frv. Þessi uppbygging binst sértækt við marksameindir með millisameindakrafti. Aptamerar eru venjulega framleiddir með SELEX skimun. Aðferðir við aptamera-bestun beinast aðallega að því að bæta sækni, sértækni og stöðugleika aptamera.

Alpha Lifetech hefur skuldbundið sig til að veita viðskiptavinum sínum nákvæma og skilvirka skimun og bestun á kjarnsýruaptamerum. Skimunar- og bestunarferlið er ekki aðeins lykilatriði í að fá hágæða aptamera, heldur einnig mikilvægur grunnur að því að þróa þessi forrit. Alpha Lifetech heldur áfram að kynna nýjustu tækni og hámarka þjónustuferli til að tryggja að þjónusta okkar sé alltaf í fararbroddi í greininni og veiti viðskiptavinum skilvirkari skimun og bestun á kjarnsýruaptamerum.

SELEX Aptamer val

Alpha Lifetech hefur einbeitt sér að þróun kjarnsýruaptamera í mörg ár, aðallega skipt í hönnun kjarnsýruaptamera, smíði kjarnsýruaptamerasafna, skimun kjarnsýruaptamera og myndun kjarnsýruaptamera.

SELEX skimunartækni er aðalaðferðin til að skima aptamera. Alpha Lifetech getur ekki aðeins boðið upp á SELEX aptamera val, heldur einnig aðrar aðferðir byggðar á SELEX tækni, svo sem Cell-SELEX, CE-SELEX, Capture-SELEX, o.s.frv. Með in vitro skimun aptamera eru fengnir aptamerar sem geta sérstaklega borið kennsl á marksameindina og hafa mikla sækni í marksameindina, og síðan er framkvæmd háafköstaröðun á skimuðum aptamerum, og að lokum eru aptamerarnir myndaðir með in vitro efnasmíði. Að auki getur Alpha Lifetech fínstillt valda aptamera og staðfest virkni fínstilltra aptamera.

Inngangur að Aptamer-bestun

Þó að kjarnsýruaptamerarnir sem SELEX tækni hefur prófað hafi sterka sækni í marksameindir, þarf samt sem áður að fínstilla aptamerana í hagnýtum tilgangi til að bæta enn frekar sértækni aptamersins, sækni aptamersins og stöðugleika hans til að mæta þörfum einstakra notkunarsviðsmynda.

Helstu aðferðirnar til að fínstilla aptamer fela í sér eftirfarandi þætti:

Skurður á mannvirkjum

Stytting: Með því að fjarlægja hluta aptamer-raðarinnar sem hafa ekki eða minni áhrif á bindingargetu marksameindarinnar, og varðveita kjarnaþekkingarsvæðið, er hægt að stytta lengd aptamersins og bæta myndunarhagkvæmni þess og stöðugleika aptamersins.

Byggt á hermun á annars stigs byggingar og empirískri tilraun og mistökum var staðbundin, hærri byggingarbygging aptamersins (eins og stofnhringur, gervitenging, G-fjórþættur o.s.frv.) skilgreind með tilbúnum hætti, ómyndaðar eða paraðar stakar keðjur fjarlægðar, stofninn styttur, litlir kúptir hringir fjarlægðir, hringir minnkaðir o.s.frv. Sameindatengingartækni er notuð til að spá fyrir um þrívíddarbyggingu aptamersins og marksameindarinnar til að ná nákvæmari aðlögun.

Kynning á stökkbreytingu

Handahófskennd stökkbreytingMeð því að nota stökkbreytingartækni (eins og PCR stökkbreytingar) til að koma handahófskenndum stökkbreytingum inn í aptamer röðina og með endurskimun með SELEX tækni er hægt að fá stökkbreytingar með meiri sækni og sértækni. Þessi aðferð getur kannað fjölbreytileika aptamer raða og uppgötvað ný bindingarmynstur og bestununarleiðir.

Staðbundin stökkbreytingByggt á byggingargreiningu og spá um bindistaði eru möguleg stökkbreytingarstaðir valdir fyrir staka eða marga basa skiptingu til að kanna áhrif mismunandi raða á virkni aptamersins. Staðbundin stökkbreyting getur stjórnað byggingarbreytingum aptamersins nákvæmlega til að hámarka virkni þess.

Efnafræðileg breyting

Aptamerinn er efnafræðilega breyttur og breytingarhópar eru settir inn á mismunandi stöðum í aptamerinum (eins og basa, sykurhring, fosfathóp o.s.frv.) til að bæta stöðugleika, getu til að hamla núkleasa og sækni aptamersins.

Mynd 1 Algengar breytingar á aptamerum. (Heimild:Bókin „Kjarnsýruaptamerar“, kafli

Algengar breytingar eru meðal annars 2'-flúoríbósi, 2'-amínó ríbósi, 2'-o-metýlríbósi, LNA (læst kjarnsýra) og ómetýleruð púrín kjarnsýra (UNA). Þessar breytingar geta dregið úr greiningu núkleasa, aukið getu aptamera til að standast niðurbrot eða breytt bindingareiginleikum þeirra við marksameindir.

Kynning á virknisvæði

Aptamerið hefur fengið nýja virkni, svo sem ensímvirkni og getu til að tilkynna flúrljómun. Lígandabindandi svæðið er sameinað hvatasvæðinu til að framleiða aptamer með ensímvirkni. Til dæmis, með því að bæta við svæðum sem bindast flúrljómandi sameindum, myndast sjálfskýrandi aptamer sem gefur frá sér flúrljómandi merki eftir að markmiðsbinding hefur tekist.