La scelta dei tamponi deve tenere conto della stabilità del target, del microambiente di legame e della minimizzazione del legame non specifico nello scenario applicativo reale. Proteine ​​non correlate, detergenti non ionici e concentrazioni saline fisiologiche contribuiscono a ridurre il rumore di fondo. Esistono anche altre condizioni, come ad esempio la possibilità che alcuni target richiedano l'aggiunta di cationi bivalenti o altri cofattori al tampone; i cofattori proteici possono essere co-fissati con il target, aggiunti al tampone di separazione e persino utilizzati come mezzo per catturare il target.

Tra i fattori comunemente considerati per aumentare la pressione selettiva vi sono la concentrazione delle molecole bersaglio, il tempo di legame, l'intensità del lavaggio, ecc. Altre tecniche per incrementare la pressione selettiva includono l'uso di agenti denaturanti (come acidi, urea e guanidina), solventi organici, l'aumento della temperatura o l'incremento della concentrazione di ligandi o bersagli concorrenti nel tampone di lavaggio.
Tra queste fasi, la prima fase di screening è fondamentale. L'obiettivo di questa prima fase è catturare il maggior numero possibile di cloni positivi dalla libreria costruita, eliminando al contempo i cloni non specifici. Per garantire la cattura di un elevato numero di fagi legati e mantenere la diversità della libreria, è opportuno utilizzare target con rivestimento poroso o un gran numero di target solubili. Nelle fasi successive di screening, la pressione selettiva dovrebbe essere aumentata con l'incremento dell'arricchimento, lavaggi multipli e tempi di lavaggio prolungati, consentendo così di selezionare i cloni con elevata affinità.

Per quanto riguarda i tag antigenici e i materiali di supporto, il processo di screening consiste nel rilevare tutte le sostanze presenti sui coniugati antigenici, come tag, proteine ​​di fusione e substrati di supporto. Lo screening negativo dei non-target può limitare l'arricchimento di anticorpi diversi dall'antigene bersaglio.
Cellule intere, liposomi, dischi di nanofosfolipidi e VLP possono essere sottoposti a screening negativo utilizzando cellule transfettate simulate o cellule non transfettate durante lo screening di linee cellulari transfettate.
Rimozione di miscele antigeniche complesse. È possibile eseguire uno screening negativo rigoroso per molecole bersaglio sconosciute o complesse, come cellule intere o proteine ​​impure.
La strategia degli anticorpi contro siti specifici degli antigeni consiste, in due modi: uno, eluire l'anticorpo in grado di competere con il ligando aggiungendo un'alta concentrazione di ligandi; l'altro, bloccare l'anticorpo.

La scoperta di anticorpi è diventata sempre più importante nella medicina moderna. Esistono diversi approcci per la scoperta di anticorpi, ma la tecnologia del phage display è la più utilizzata nella scienza medica. Dal 1990, sono stati utilizzati diversi formati di anticorpi per costruire librerie di fagi, tra cui VH, VHH, scFv, diabody e anticorpi Fab.
*Le librerie di peptidi fagici consentono la rapida determinazione della sequenza degli epitopi proteici e sono diventate un potente strumento per studiare l'interazione tra epitopi e recettori antigenici.
*I frammenti di anticorpi vengono fusi alla proteina G3P del fago M13 e, clonando un gran numero di geni che codificano per un frammento di anticorpo, è possibile generare ampie librerie di anticorpi a display fagico da cui selezionare numerosi anticorpi diversi.
*Il sistema di visualizzazione del fago T7 presenta numerosi vantaggi, tra cui semplicità, elevata sicurezza, stabilità, facilità di stoccaggio e trasporto, pertanto viene utilizzato nei vaccini preventivi e terapeutici.
*Il sistema di visualizzazione del fago T7 è in grado di rilevare diversi antigeni, come gli antigeni di superficie dei microrganismi patogeni e gli antigeni tumorali.