図1 共免疫沈降アッセイの概略図。（参照元： 共免疫沈降アッセイ - PubMed (nih.gov)）

プルダウンアッセイでは、既知のタンパク質を磁気ビーズに固定し、検出対象物質を添加します。溶出液中の相互作用タンパク質の吸着を検出します。

1988年、SmithらはGST融合タンパク質を精製し、プルダウンアッセイに応用した。これはGSTプルダウンと呼ばれ、標的タンパク質にGSTタグを追加し、GSHを介して相互作用するタンパク質を捕捉し、結合を溶出し、WBアッセイで検証するものである。

図2 GSTプルダウンアッセイの概略図。（参照元： GSTプルダウンアッセイによるPIF4結合の試験管内研究 - PubMed (nih.gov) ）

WB実験（ウェスタンブロット実験またはウェスタンブロットとも呼ばれる）は、抗原と抗体の特異的な反応を本質とする実験法であり、基本原理は、変性タンパク質をSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動によって分離し、膜転写（湿式または半乾式回転）によって固相担体（PVDF膜、NC膜など）に転写することである。ブロッキング（BSA、バターミルクなどを使用）後、一次抗体をタンパク質に特異的に結合させ、フィルムを洗浄した後、蛍光標識二次抗体を加える。二次抗体が一次抗体と結合することで、基質の発色と化学発光によって標的タンパク質を観察することができる。一般的に、サンプル中に特定のタンパク質が発現しているかどうかを判断し、その発現レベルを大まかに分析するために用いられる。

共免疫沈降技術は、免疫沈降実験に基づいて、2つ以上のタンパク質間の相互作用の有無を分析するために使用されます。他のタンパク質相互作用分析実験技術（GSTプルダウン、ウェスタンブロット、クロマチン免疫沈降アッセイなど）と比較して、Co-IP技術は特異性、感度、再現性が高く、非特異的結合の干渉を回避し、タンパク質の相互作用を自然な状態で反映することができます。