Aptamer Research Service
Introductio ad Aptamerum
Aptamera sunt moleculae acidi nucleici monocatenarii (velut DNA vel RNA) quae in vitro ex bibliotheca oligonucleotidorum syntheticorum cum sequentiis fortuito assignatis per processum appellatum SELEX screening examinantur, qui multiplices circuitus selectionis iterativae implicat. Partes principales officiorum evolutionis aptamerorum ab Alpha Lifetech possessorum includunt constructionem bibliothecae aptamerorum, screening aptamerorum SELEX, sequentiationem aptamerorum SELEX, analysin sequentiae aptamerorum et aliam analysin aptamerorum.
Sequentiatio SELEX perscrutationem aptameri SELEX et sequentiationem magnae capacitatis coniungit. Per sequentiationem aptameri SELEX, sequentia specifica aptameri cum scopo coniuncti efficaciter determinari potest, praebens data fundamentalia ad subsequentem analysin et applicationem sequentiae aptameri.
Aptamera late in investigationibus scientificis, curatione morborum, constructione biosensorum, inventione medicamentorum et observatione rerum naturalium adhibita sunt. Attamen aptamera oligonucleotidica in vitro examinata facile in vivo degradantur et etiam toxicitatem exhibent. Ergo, post aptamerorum examinatorum optimizationem, analysis in vitro necessaria est ad successum evolutionis aptamerorum aestimandum. Secundum varias necessitates analysis clientium, Alpha Lifetech varias strategias analysis aptamerorum quas clientes eligere possunt praebet.

Fig. 1 Diagramma analysis aptameri. Fons referentiae:Thevendran R, Citartan M. 2022. Experimenta ad Affinitatem Ligationis Aptamerorum Aestimandam..
Introductio ad Servitium Investigationis Aptamer
Analysis Stabilitatis Aptameri
Experimentum degradationis nucleasis
Incubando aptamerum cum variis generibus nucleasarum (velut DNase, RNase, etc.) sub condicionibus specificis, degradatio aptameri observatur, ut eius facultas anti-degradationis aestimetur. Hoc utile est ad stabilitatem et durabilitatem aptameri in applicationibus practicis determinandam.
Methodus notationis fluorescentis
Stabilitas aptameri indirecte aestimatur per fluorophoras in aptamero notandas et mutationes signi fluorescentiae ante et post coniunctionem cum scopo observandas. Exempli gratia, cum aptamer scopo coniungitur, conformatio eius mutari potest, quod signum fluorescentiae auctum vel diminutum efficit.
Analysis stabilitatis thermalis
Stabilitas thermalis aptameri aestimatur per mensurationem mutationis temperaturae liquefactionis eius (valoris Tm) ad varias temperaturas. Quo altior temperatura liquefactionis aptameri, eo melior est eius stabilitas thermalis.
Analysis stabilitatis dynamicae
Resonantia plasmonis superficialis (SPR) aliaeque technologiae adhibitae sunt ad processum ligationis et dissociationis inter aptamerum et scopum tempore reali monitorandum, ad parametros dynamicos (ut constantem celeritatis ligationis, constantem celeritatis dissociationis, etc.) obtinendos, ad mechanismum interactionis inter aptamerum et scopum ulterius intellegendum, et ad stabilitatem eius dynamicam aestimandam.
Analysis stabilitatis structuralis
Crystallographia radiorum X, resonantia magnetica nuclearis (NMR), aliaeque technicae biologiae structuralis adhibitae sunt ad structuram tridimensionalem aptameri eiusque stabilitatem structuralem analysandam.
Analysis Aptamerorum Specifica
Examen ligationis aptamerorum
Affinitas aestimatur per experimentum aptameri ligationis, quo constantem ligationis inter aptamerum et moleculam destinatam, qualis est constantem dissociationis Kd, metiri possumus. Valor Kd inferior affinitatem maiorem indicat. Experimentum aptameri ligationis candidatos medicamentorum cum alta facultate ligationis excludere potest, deinde studia pharmacodynamica et pharmacocinetica subsequentia peragere.
Experimentum investigationis inversae
Experimentum reversae probationis est methodus probationis ad celeriter excludendas moleculas non destinatas ex magno numero molecularum candidatarum. Probatio reversa destinatur ad excludendas moleculas quae hanc proprietatem vel functionem non habent. Clavis ad probationem reversam est eligere aptas indices vel condiciones probationis reversae quae permittunt moleculas non destinatas identificari et removeri per processum probationis. In hoc experimento, selectio molecularum non destinatarum magni momenti est. Curandum est ut moleculae non destinatae selectae repraesentent substantias quae probationem aptamerorum impedire possint et ut factores impedientes possibiles quam plenissime tegantur.
Experimentum inhibitionis competitivae
Addendo competitores excessivos (velut moleculas structurae similis moleculae scopo) systemati ligationis aptameri et moleculae scopo, mutatio facultatis ligationis aptameri et moleculae scopo observatur. Si facultas aptameri ad moleculam scopo ligandam significanter reducitur, indicat aptamerum specificitatem magnam habere.
Interdum, experimenta inhibitionis competitivae adhiberi possunt tamquam pars vel adiumentum experimentorum cribrationis inversae. Exempli gratia, in processu cribrationis medicamentorum, facultas moleculae medicamenti ad proteinum destinatum ligandum per experimenta inhibitionis competitivae aestimari potest, et deinde experimenta cribrationis inversae adhiberi possunt ad ea composita removenda quae nimis fortiter cellulis vel textibus normalibus ligantur.
Analysis Cytotoxicitatis Aptamerorum
Variae methodi experimentales ad analysin cytotoxicitatis aptamerorum existunt, quae ad effectus aptamerorum in superviventia, proliferatione, vel functione cellularum aestimandos destinantur.
| Methodi | Introductio Detaliata | Commodum | Incommodum |
|---|---|---|---|
| Methodus Detectionis MTT | Examen MTT est methodus quae innititur actioni enzymaticae in mitochondriis cellularum viventium. Succinati dehydrogenasis in mitochondriis cellularum viventium MTT exogenum ad crystallum caeruleo-purpureum Formazanum insolubilem in aqua reducere et in cellulam deponere potest, dum cellulae mortuae talem functionem non habent. Dissolutio horum crystallorum dimethylsulfoxidi (DMSO) et detectio absorptionis ad longitudines undarum specificas (ut 490nm vel 570nm) in enzymometro potest indirecte numerum cellularum viventium reflectere et sic cytotoxicitatem aptameri aestimare. | Alta sensibilitas, oeconomia et commoditas | Magnum onus laboris, solventia organica cellulis damnum inferre possunt; tantum finales eventus experimentales obtineri possunt, et processus completus cytotoxicitatis videri non potest. |
| Methodus Detectionis CCK-8 | Instrumentum Numerationis Cellularum 8 (CCK-8) est methodus detectionis colorimetrica altae sensibilitatis et non radioactiva. CCK-8 continet WST-8, quod a dehydrogenasa in mitochondriis cellularum viventium reducitur ad producendum methylzan combustibile aurantiacum valde solubile in aqua. Quantitas tincturae mezan productae lineariter relata est ad numerum cellularum viventium, et numerus cellularum viventium indirecte reflecti potest per mensuram valoris absorptionis lucis tincturae Mezan ad longitudinem undae 450nm, ut cytotoxicitas aptameri aestimetur. | Operatio simplex, cellulas lavare non opus est, detectio rapida, lata linearis detectionis amplitudo, alta sensibilitas, bona repetibilitas, parva cytotoxicitas. | Pretium reagentium altum; interdum difficile est discernere utrum absorptio imminuta debeatur diminutioni numeri cellularum viventium an diminutioni activitatis ipsius dehydrogenasis cellularis. |
| Methodus Detectionis LDH | LDH (lactatis dehydrogenasis) est enzymum quod in cytoplasmate cellularum stabile est, et cum membrana cellularis laesa est, LDH extra cellulam emittitur. LDH acidum lacticum ad pyruvatum formandum catalyzare potest, et cum INT (salibus tetrazolii) reagere ad substantiam crystallinam purpuream formandam. Absorptionem eius ad certam longitudinem undae (velut 490nm) metiendo, gradus laesionis cellularis reflecti potest, et deinde cytotoxicitas aptameri aestimari potest. | Directe rationem mortis cellularum reflectit, minusque damni cellulis infert, nec ulla contaminatio isotoporum radioactivorum est. | Cum cellulas ex incubatore frequenter extrahere necesse sit, operatio fit complicatior; tantummodo eventus experimentales finales obtineri possunt, et processus cytotoxicitatis completus videri non potest. |
| Analysis Imaginum Cellularum Vivarum in Tempore Reali | Instrumentum, instrumento adhibito ad imagines cellularum vivarum in tempore reali acquirendas, in incubatore collocatum est, ut totum processum cycli accretionis cellularis tempore reali observaretur et notaretur. Cytotoxicitas aptamerorum aestimari potest per analysin mutationum morphologicarum et curvarum accretionis cellularum. Haec methodus imagines moventes et eventus quantificatos processuum cytotoxicorum praebere potest, dum ambitus accretionis cellularis stabilis manet. | Processum cytotoxicum tempore reali, imaginibus non destructivis, impedimenta et damnum cellulis minuere potest; et imagines moventes et quantificatae ad analysin profundam praesto sunt. | Sumptus instrumentorum alti sunt et peritiam operationis professionalem et facultatem analysis datorum requirunt. |
Si quas quaestiones habeas, libenter nobiscum quovis tempore communicare potes.
Leave Your Message
0102



XVI Iulii MMXVIII 

