Aptameru raksturojuma analīzes pakalpojums

Uzņēmums Alpha Lifetech jau daudzus gadus sniedz ar aptameriem saistītus pakalpojumus un pašlaik var nodrošināt visaptverošas aptameru izstrādes shēmas, piemēram, aptameru sintēzi, SELEX skrīningu, augstas caurlaidības sekvencēšanu, kā arī aptameru optimizāciju un raksturošanu. Pamatojoties uz SELEX metodes priekšrocībām aptameru skrīningā, Alpha Lifetech ir paplašinājis aptameru skrīninga metodes.

Ievads aptameru raksturojuma analīzē

Afinitātes pārbaude

Optimizētā aptameru afinitāte tika pārbaudīta, izmantojot atbilstošas aptameru saistīšanās testa metodes. Piemēri ietver izotermālās titrēšanas kalorimetriju (ITC), plūsmas citometriju (FCM) un virsmas plazmonu rezonansi (SPR), mikrofluidiku utt. Aptameru afinitāti parasti izsaka ar disociācijas konstanti (KD) — fizikālu lielumu, ko izmanto, lai kvantitatīvi noteiktu molekulārās disociācijas pakāpi atgriezeniskā reakcijā. Jo mazāka KD vērtība, jo stabilāks ir komplekss, tas ir, jo spēcīgāka ir afinitāte; un otrādi, jo lielāka ir KD vērtība, jo nestabilāks ir komplekss un jo vājāka ir afinitāte. Šis solis ir galvenais, lai noteiktu aptameru veiktspēju, nodrošinot aptameru afinitātes nobriešanu un spēju saistīties ar mērķa molekulu ar augstu afinitāti un selektivitāti praktiskos pielietojumos.

1. att. Aptameru afinitātes nobriešanas process. Atsauces avots:Kinghorn AB, Fraser LA, 2017.

Funkcijas pārbaude

Papildus afinitātes pārbaudei ir jāpārbauda arī aptamera funkcija. Tas ietver aptamera stabilitātes, specifiskuma un mijiedarbības ar citām molekulām noteiktā vidē pārbaudi. Funkcionālās pārbaudes rezultāti tieši ietekmēs aptameru vērtību zinātniskajos pētījumos un rūpnieciskos pielietojumos.

Specifiska verifikācija

Konkurences eksperiments: aptamera spēja saistīties ar konkrētu mērķi tiek novērtēta citu līdzīgu mērķu klātbūtnē. Ja aptamers var specifiski saistīties ar mērķa molekulu bez citu molekulu iejaukšanās, tas norāda, ka tam ir augsta specifiskums.

Krusteniskās reakcijas eksperiments: aptamērs tiek saistīts ar virkni saistītu vai nesaistītu mērķu, lai pārbaudītu, vai tas saistās tikai ar konkrētu mērķi, lai pārbaudītu tā specifiskumu.

Stabilitātes pārbaude

Nukleāzes degradācijas eksperiments: Aptamēri tika pakļauti dažādām nukleāžu koncentrācijām, un tika novērota to degradācija. Salīdzinot degradācijas pakāpi dažādos laika punktos, var novērtēt aptamera antinukleāzes degradācijas spēju.

Temperatūras un laika stabilitātes eksperiments: aptamērs tika pakļauts dažādiem temperatūras un laika apstākļiem, lai novērotu tā strukturālo un funkcionālo stabilitāti. Tas palīdz noteikt optimālos aptameru uzglabāšanas un lietošanas apstākļus.

Bioloģiskās aktivitātes identifikācija

Piemērotā metode parasti tiek izvēlēta atbilstoši nukleīnskābes aptamera konkrētajam pielietojuma mērķim.

(1) Molekulārā līmeņa testēšana: Izmantojot molekulārās bioloģijas metodes, piemēram, gēla elektroforēzi, Western blot utt., lai noteiktu kompleksus, kas veidojas pēc aptamēra apvienošanās ar mērķa molekulu, vai noteiktu aptamēra izraisītās izmaiņas mērķa molekulas ekspresijas līmenī.

(2) Šūnu līmeņa testēšana: Izmantojot šūnu kultūras tehnoloģiju, aptamērus inkubē ar mērķa šūnām, lai novērotu bioloģiskas izmaiņas, piemēram, šūnu morfoloģiju, proliferāciju un apoptozi, un novērtētu aptamēru bioloģisko aktivitāti.

(3) Dzīvnieku modeļu testēšana: atbilstošos dzīvnieku modeļos nukleīnskābju aptamērus ievada injekcijas vai zāļu ievadīšanas veidā, un tiek novēroti dzīvnieku fizioloģiskie rādītāji un patoloģiskās izmaiņas, lai novērtētu aptamēru bioloģisko aktivitāti un drošību in vivo.