Aptamer-karakteriseringsanalysetjeneste

Alpha Lifetech har levert aptamerrelaterte tjenester i mange år, og kan for tiden tilby omfattende aptamerutviklingsprogrammer som aptamersyntese, SELEX-screening, høykapasitetssekvensering og aptameroptimalisering og -karakterisering. Basert på fordelene med SELEX-metoden for screening av aptamerer, har Alpha Lifetech utvidet flere metoder for screening av aptamerer.

Introduksjon til aptamerkarakteriseringsanalyse

Affinitetsverifisering

Den optimaliserte aptameraffiniteten ble verifisert ved hjelp av relevante teknikker for aptamerbindingsanalyse. Eksempler inkluderer isotermisk titreringskalorimetri (ITC), flowcytometri (FCM) og overflateplasmonresonans (SPR), mikrofluidikk, etc. Aptameraffinitet uttrykkes vanligvis ved dissosiasjonskonstanten (KD), en fysisk størrelse som brukes til å kvantifisere graden av molekylær dissosiasjon i en reversibel reaksjon. Jo mindre KD-verdien er, desto mer stabilt er komplekset, det vil si desto sterkere er affiniteten. Omvendt, jo større KD-verdien er, desto mer ustabilt er komplekset og desto svakere er affiniteten. Dette trinnet er nøkkelen til å identifisere aptamerens ytelse, sikre aptamerens affinitetsmodning og kan binde seg til målmolekylet med høy affinitet og selektivitet i praktiske anvendelser.

Fig. 1 Prosess for aptameraffinitetsmodning. Referansekilde:Kinghorn AB, Fraser LA, 2017.

Funksjonsverifisering

I tillegg til affinitetsverifisering må aptamerens funksjon verifiseres. Dette inkluderer verifisering av aptamerens stabilitet, spesifisitet og interaksjoner med andre molekyler i et bestemt miljø. Resultatene av funksjonell verifisering vil direkte påvirke verdien av aptamerer i vitenskapelig forskning og industrielle anvendelser.

Spesifikk verifisering

Konkurranseeksperiment: Aptamerens evne til å binde seg til et spesifikt mål evalueres i nærvær av andre lignende mål. Hvis aptameren kan binde seg spesifikt til målmolekylet uten forstyrrelser fra andre molekyler, indikerer det at den har høy spesifisitet.

Kryssreaksjonseksperiment: Aptameren bindes til en serie relaterte eller urelaterte mål for å se om den bare binder seg til et spesifikt mål, for å bekrefte dens spesifisitet.

Stabilitetsverifisering

Eksperiment med nuklease-nedbrytning: Aptamerene ble eksponert for forskjellige konsentrasjoner av nukleaser, og nedbrytningen deres ble observert. Ved å sammenligne nedbrytningsgraden på forskjellige tidspunkter kan aptamerens anti-nuklease-nedbrytningsevne evalueres.

Temperatur- og tidsstabilitetseksperiment: Aptameren ble plassert under forskjellige temperatur- og tidsforhold for å observere dens strukturelle og funksjonelle stabilitet. Dette bidrar til å bestemme optimale lagrings- og bruksforhold for aptamerer.

Identifisering av biologisk aktivitet

Den passende metoden velges vanligvis i henhold til det spesifikke anvendelsesmålet for nukleinsyreaptameren.

(1) Molekylnivåtesting: Bruk av molekylærbiologiske teknikker, som gelelektroforese, Western blot, etc., for å oppdage kompleksene som dannes etter at aptameren kombineres med målmolekylet, eller oppdage endringer i uttrykknivået til målmolekylet forårsaket av aptameren.

(2) Testing på cellenivå: Ved bruk av cellekulturteknologi inkuberes aptamerer med målceller for å observere biologiske endringer som cellemorfologi, proliferasjon og apoptose, og evaluere den biologiske aktiviteten til aptamerer.

(3) Dyremodelltesting: I passende dyremodeller gis nukleinsyreaptamerer ved injeksjon eller legemiddeladministrasjon, og fysiologiske indikatorer og patologiske endringer hos dyr observeres for å evaluere aptamerenes biologiske aktivitet og sikkerhet in vivo.