Сервис оптимизации аптамеров

Компания Alpha Lifetech стремится предоставлять своим клиентам точные и эффективные услуги по скринингу и оптимизации нуклеиновых кислотных аптамеров.

СВЯЗАТЬСЯ С НАМИ

Сервис оптимизации аптамеров

Аптамеры — это одноцепочечные олигонуклеотиды, способные специфически связываться с целевыми молекулами. После адаптивного сворачивания они образуют специфическую трехмерную структуру за счет различных сил взаимодействия, таких как комплементарное спаривание нуклеотидных оснований, водородные связи, π-π-стэкинг, электростатические силы и т. д. Эта структура специфически связывается с целевыми молекулами посредством межмолекулярных сил. Аптамеры обычно получают методом SELEX-скрининга. Методы оптимизации аптамеров в основном направлены на улучшение аффинности, селективности и стабильности аптамеров.

Компания Alpha Lifetech стремится предоставлять клиентам точные и эффективные услуги по скринингу и оптимизации нуклеиновых кислотных аптамеров. Процесс скрининга и оптимизации является не только ключевым этапом получения высококачественных аптамеров, но и важной основой для развития этих приложений. Alpha Lifetech постоянно внедряет передовые технологии и оптимизирует процессы обслуживания, чтобы гарантировать, что наши услуги всегда находятся на переднем крае отрасли и предоставляют клиентам более эффективный опыт скрининга и оптимизации нуклеиновых кислотных аптамеров.

Выбор аптамеров SELEX

Компания Alpha Lifetech на протяжении многих лет специализируется на разработке нуклеиновых кислотных аптамеров, в основном это разработка аптамеров, создание библиотек нуклеиновых кислотных аптамеров, скрининг нуклеиновых кислотных аптамеров и синтез нуклеиновых кислотных аптамеров.

Метод скрининга SELEX является основным способом отбора аптамеров. Компания Alpha Lifetech может предложить не только отбор аптамеров методом SELEX, но и другие методы, основанные на технологии SELEX, такие как Cell-SELEX, CE-SELEX, Capture-SELEX и др. Путем скрининга аптамеров in vitro получают аптамеры, которые могут специфически идентифицировать целевую молекулу и обладают высокой аффинностью к ней. Затем проводится высокопроизводительное секвенирование отобранных аптамеров, и, наконец, аптамеры синтезируются методом химического синтеза in vitro. Кроме того, Alpha Lifetech может оптимизировать отобранные аптамеры и проверить их функциональные возможности.

Введение в оптимизацию аптамеров

Несмотря на то, что аптамеры нуклеиновых кислот, отобранные с помощью технологии SELEX, обладают высокой аффинностью к целевым молекулам, в практических приложениях аптамеры все еще нуждаются в оптимизации для дальнейшего повышения специфичности, аффинности и стабильности аптамеров в соответствии с потребностями конкретных сценариев применения.

Основные методы оптимизации аптамеров включают следующие аспекты:

Структурная резка

Укорачивание: Путем удаления участков последовательности аптамера, которые не влияют или влияют на способность связывания целевой молекулы, при сохранении основной области распознавания, можно сократить длину аптамера, а также повысить эффективность его синтеза и стабильность.

На основе моделирования вторичной структуры и эмпирических проб и ошибок была искусственно определена локальная структура аптамера более высокого порядка (например, стержневое кольцо, псевдосоединение, G-квадруплет и т. д.), удалены несформированные или парные одиночные цепи, укорочен стержень, удалены небольшие выпуклые кольца, уменьшены кольца и т. д. Технология молекулярного докинга используется для прогнозирования трехмерной структуры аптамера и целевой молекулы с целью более точной модификации.

Введение мутации

Случайная мутацияИспользование методов мутагенеза (таких как ПЦР-мутагенез) для введения случайных мутаций в последовательность аптамера и повторный скрининг с помощью технологии SELEX позволяет получить мутанты с более высокой аффинностью и селективностью. Этот метод позволяет исследовать разнообразие последовательностей аптамеров и выявлять новые схемы связывания и направления оптимизации.

Мутация, специфичная для конкретного участкаНа основе структурного анализа и прогнозирования сайтов связывания выбираются возможные места мутаций для замены одной или нескольких нуклеотидов с целью изучения влияния различных последовательностей на характеристики аптамера. Мутации, специфичные для конкретного сайта, позволяют точно контролировать структурные изменения аптамера и оптимизировать его работу.

Химическая модификация

Аптамер подвергается химической модификации, и в различные положения аптамера вводятся модифицирующие группы (например, в основание, сахарное кольцо, фосфатную группу и т. д.) для повышения стабильности, антинуклеазной активности и сродства аптамера.

Рис. 1. Типичные модификации аптамеров. (Источник:Книга «Нуклеиновые кислоты», глава «Аптамеры нуклеиновых кислот».

К распространенным модификациям относятся 2'-фторрибоза, 2'-аминорибоза, 2'-о-метилрибоза, LNA (заблокированная нуклеиновая кислота) и неметилированная пуриновая нуклеиновая кислота (UNA). Эти модификации могут снижать распознавание нуклеазами, повышать устойчивость аптамеров к деградации или изменять их связывающие свойства с целевыми молекулами.

Введение в функциональную область

Аптамер наделяется новыми функциями, такими как ферментативная активность и способность к флуоресцентному детектированию. Область связывания лиганда объединяется с каталитической областью для получения аптамера с ферментативной активностью. Например, добавление областей, связывающихся с флуоресцентно-излучающими молекулами, создает самодетектирующий аптамер, испускающий флуоресцентный сигнал после успешного связывания с мишенью.