Razvojna platforma Aptamer

Aptameri so enoverižni oligonukleotidi (DNA, RNA ali XNA) z lastnostjo visoke afinitete in visoke specifičnosti, ki se specifično vežejo na ciljne molekule, kot so protitelesa, in se pogosto uporabljajo za razvoj biosenzorjev, diagnostike in terapevtike.

Platforma za aptamerje, ki jo zagotavlja Alpha Lifetech, vključuje dve kategoriji: platformo za sintezo aptamerjev, ki vključuje predvsem storitev sinteze knjižnice aptamerjev SELEX in storitev razvoja aptamerjev (DNA, RNA ali XNA), ter platformo za presejanje aptamerjev, ki vključuje storitve presejanja beljakovin, peptidov, celic, majhnih molekul, kovinskih ionov in drugih ciljnih molekul, ki temeljijo na tehnologiji SELEX, ter storitve optimizacije in identifikacije aptamerjev v nadaljnjem toku.

Platforma za sintezo aptamerjev

Storitev sinteze knjižnice aptamerjev SELEX

Storitev sinteze knjižnice aptamer SELEX vključuje predvsem izgradnjo knjižnice, ki vsebuje veliko število naključnih enoverižnih oligonukleotidnih zaporedij z in vitro kemično sintezo v skladu s ciljnimi molekulami. Izgradnja knjižnice je izhodišče tehnologije SELEX, ki zagotavlja obilje kandidatnih zaporedij za nadaljnji postopek presejanja z izgradnjo ogromnih naključnih knjižnic in povečuje možnost presejanja visokoafinitetnih aptamerjev.

Sinteza knjižnice je v glavnem razdeljena na naslednje korake:

Koraki	Podrobnosti o tehnologiji
Prepoznavanje ciljnih molekul	Določite ciljne molekule, ki jih je treba pregledati za aptamerje, ki so lahko beljakovine, nukleinske kisline, majhne molekule, kovinski ioni itd.
Načrtovanje naključnega zaporedja	Dolžina naključnega zaporedja, sestava baz in drugi parametri so bili zasnovani glede na značilnosti ciljnih molekul in zahteve presejanja. Naključna zaporedja so običajno dolga med desetimi in stotinami baz.
Sinteza fiksnih zaporedij	Oligonukleotidni fragmenti s fiksnimi zaporedji (kot so zaporedja primerjev za PCR) na obeh koncih so zasnovani in sintetizirani, ki bodo uporabljeni v nadaljnjem postopku amplifikacije in presejanja.

Sintetizirano knjižnico je treba še dodatno obdelati za nadzor kakovosti. Koncentracija knjižnice je bila določena, da se zagotovi njena uporabnost v nadaljnjem postopku presejanja. Raznolikost in natančnost naključnih zaporedij v knjižnici sta bili preverjeni s sekvenciranjem in drugimi metodami, da se zagotovi, da kakovost knjižnice izpolnjuje zahteve presejanja.

Z zgornjimi koraki je mogoče sintetizirati visokokakovostno in zelo raznoliko knjižnico SELEX aptamerjev, ki lahko zagotovi obilje kandidatnih zaporedij za nadaljnji postopek presejanja.

Storitve razvoja aptamerjev (DNA, RNA ali XNA)

Aptameri se običajno nanašajo na aptamerje nukleinskih kislin. Aptameri nukleinskih kislin vključujejo aptamerje DNA, aptamerje RNA in aptamerje XNA, ki so kemično modificirani aptameri nukleinskih kislin. Tehnika SELEX se pogosto uporablja za razvoj aptamerjev. Osnovni potek dela pri razvoju aptamerjev vključuje gradnjo knjižnic, vezavo na tarčo, izolacijo in čiščenje, amplifikacijo, več krogov presejanja in identifikacijo zaporedja. Že vrsto let se osredotočamo na gradnjo knjižnic in imamo bogate izkušnje z razvojem aptamerjev. Zavezani smo k zagotavljanju boljših storitev za stranke.

Tehnološki proces SELEX

Postopek SELEX je sestavljen iz več krogov, od katerih vsak sestavljajo naslednji ključni koraki:

Vezava knjižnice in cilja

Konstruirana knjižnica nukleinskih kislin se zmeša s specifičnimi ciljnimi molekulami (kot so beljakovine, spojine z majhnimi molekulami itd.), tako da se zaporedja nukleinskih kislin v knjižnici lahko vežejo na ciljne molekule.

Izolacija nevezanih molekul

Nukleinska kislinska zaporedja, ki niso vezana na ciljno molekulo, se iz zmesi ločijo s specifičnimi metodami, kot so afinitetna kromatografija, magnetno ločevanje kroglic itd.

Amplifikacija vezavnih molekul

Zaporedje nukleinske kisline, vezano na ciljno molekulo, se pomnoži, običajno z uporabo tehnologije verižne reakcije s polimerazo (PCR). Za nadaljnjo fazo presejanja se pomnožena zaporedja uporabijo kot začetna knjižnica.

Slika 1: Postopek presejanja SELEX

Platforma za presejanje aptamerjev

Storitev presejanja aptamerjev

Alpha Lifetech ponuja široko paleto specializiranih storitev presejanja aptamerjev z uporabo različnih metodologij SELEX za različne tipe vaših molekul:

Vrste ciljev	Tehnične podrobnosti
Presejanje beljakovinskih aptamerjev s SELEX-om	Glavni namen presejanja proteinskih aptamerjev je presejanje aptamerjev, ki se lahko specifično vežejo na ciljne proteinske molekule. Ti aptameri so enostavnejši za sintezo, bolj stabilni in manj dovzetni za okoljske dejavnike.
Presejanje peptidnih aptamerjev s SELEX-om	Peptidni aptameri so razred kratkih peptidnih zaporedij z visoko specifičnostjo in afiniteto, ki se lahko specifično vežejo na ciljne snovi in kažejo širok spekter uporabnega potenciala na biomedicinskem področju. S specifičnim postopkom presejanja se peptidni aptameri, ki se lahko specifično vežejo na ciljne molekule, izločijo iz velikega števila knjižnic naključnih peptidnih zaporedij.
Celično specifično presejanje aptamerjev (Cell-SELEX)	Kot tarče se pripravijo ciljne celice ali specifične molekule na površini celic. Tarče so lahko cele celice, receptorji na celični membrani, beljakovine ali druge majhne molekule.
Presejanje majhnih molekul aptamerjev z uporabo Capture SELEX	Zajem SELEX je in vitro presejalna tehnika za presejanje aptamerjev majhnih molekul, ki je različica SELEX-a. Zajem SELEX je še posebej primeren za presejanje aptamerjev tarč majhnih molekul, ki imajo običajno manj funkcionalnih skupin in jih je težko imobilizirati neposredno na trdnih nosilcih.
Storitve SELEX na živih živalih	Storitev presejanja na živih živalih je eksperimentalna tehnika, ki se pogosto uporablja na področju bioznanosti, medicine in biotehnologije, pri kateri se žive živali uporabljajo kot eksperimentalni modeli za presejanje in vrednotenje specifičnih molekul, zdravil, terapevtskih sredstev ali bioloških procesov. Storitve so zasnovane tako, da simulirajo fiziološko okolje v človeškem telesu, da bi natančneje napovedale in ocenile učinkovitost in varnost eksperimentalnih rezultatov v človeškem telesu.

Storitev optimizacije aptamerjev

Hidrofilnost, visoka izguba afinitete med proizvodnjo in hitro izločanje aptamerjev omejujejo njihovo uporabo. Trenutno je bilo raziskanih več optimizacijskih metod za izboljšanje učinkovitosti aptamerjev.

Na voljo imamo tudi različne načine za optimizacijo aptamera, ki vključujejo skrajšanje, modifikacije, konjugacijo z ustrezno skupino (tiolna, karboksilna, aminska, fluoroforna itd.).

Storitev analize karakterizacije aptamerjev

Storitev analize karakterizacije aptamerjev se nanaša na profesionalno storitev ocenjevanja delovanja, ločljivosti strukture in funkcionalnega preverjanja pridobljenega aptamera, da se zagotovi, da aptamer izpolnjuje zahteve glede specifične vezavne sposobnosti, stabilnosti in specifičnosti. Vključuje predvsem analizo afinitete in specifičnosti, oceno stabilnosti in preverjanje biološke funkcije.