Shërbimi i Optimizimit Aptamer

Aptamerët janë oligonukleotide me një zinxhir të vetëm që mund të lidhen posaçërisht me molekulat e synuara. Ato formojnë një strukturë specifike tre-dimensionale pas palosjes adaptive përmes forcave të ndryshme të ndërveprimit, siç janë çiftëzimi plotësues i bazës së nukleotideve, lidhja hidrogjenore, grumbullimi π-π, forca elektrostatike, etj. Kjo strukturë lidhet posaçërisht me molekulat e synuara përmes forcës ndërmolekulare. Aptamerët zakonisht prodhohen me anë të shqyrtimit SELEX. Metodat e optimizimit të aptamerëve përqendrohen kryesisht në përmirësimin e afinitetit, selektivitetit dhe stabilitetit të aptamerëve.

Alpha Lifetech është e përkushtuar t'u ofrojë klientëve shërbime të sakta dhe efikase të shqyrtimit dhe optimizimit të aptamerëve të acidit nukleik. Procesi i shqyrtimit dhe optimizimit nuk është vetëm një hap kyç në marrjen e aptamerëve me cilësi të lartë, por edhe një bazë e rëndësishme për avancimin e këtyre aplikacioneve. Alpha Lifetech vazhdon të prezantojë teknologji të përparuara dhe të optimizojë proceset e shërbimit për të siguruar që shërbimet tona të jenë gjithmonë në ballë të industrisë dhe t'u sjellin klientëve një përvojë më efikase të shërbimit të shqyrtimit dhe optimizimit të aptamerëve të acidit nukleik.

Përzgjedhja SELEX Aptamer

Alpha Lifetech është përqendruar në zhvillimin e aptamerit të acidit nukleik për shumë vite, i ndarë kryesisht në projektimin e aptamerit të acidit nukleik, ndërtimin e bibliotekës së aptamerit të acidit nukleik, shqyrtimin e aptamerit të acidit nukleik dhe sintezën e aptamerit të acidit nukleik.

Teknika e shqyrtimit SELEX është metoda kryesore për shqyrtimin e aptamerëve. Alpha Lifetech jo vetëm që mund të ofrojë përzgjedhjen e aptamerëve SELEX, por edhe metoda të tjera të bazuara në teknologjinë SELEX, të tilla si Cell-SELEX, CE-SELEX, Capture-SELEX, etj. Nëpërmjet shqyrtimit in vitro të aptamerëve, merren aptamerë që mund të identifikojnë në mënyrë specifike molekulën e synuar dhe kanë afinitet të lartë ndaj molekulës së synuar, dhe më pas kryhet sekuencim me rendiment të lartë në aptamerët e shqyrtuar, dhe së fundmi aptamerët sintetizohen përmes sintezës kimike in vitro. Përveç kësaj, Alpha Lifetech mund të optimizojë aptamerët e përzgjedhur dhe të verifikojë funksionet e aptamerëve të optimizuar.

Hyrje në Optimizimin Aptamer

Edhe pse aptamerët e acidit nukleik të shqyrtuar nga teknologjia SELEX kanë afinitet të fortë për molekulat e synuara, në aplikimet praktike, aptamerët ende duhet të optimizohen për të përmirësuar më tej specifikën e aptamerit, afinitetin e aptamerit dhe stabilitetin e aptamerit për të përmbushur nevojat e skenarëve specifikë të aplikimit.

Metodat kryesore të optimizimit të aptamerit përfshijnë aspektet e mëposhtme:

Prerje strukture

Shkurtimi: Duke hequr pjesë të sekuencës së aptamerit që nuk ndikojnë ose ndikojnë më pak në aftësinë lidhëse të molekulës së synuar, duke ruajtur zonën e njohjes së bërthamës, gjatësia e aptamerit mund të shkurtohet, dhe efikasiteti i sintezës së tij dhe stabiliteti i aptamerit mund të përmirësohen.

Bazuar në simulimin e strukturës sekondare dhe provën dhe gabimin empirik, struktura lokale më e lartë e aptamerit (si unaza kërcellore, pseudokonksioni, katërfishi G, etj.) u përcaktua artificialisht, u hoqën zinxhirë të vetëm të paformuar ose të çiftëzuar, kërcelli u shkurtua, u hoqën unaza të vogla konvekse, u reduktuan unazat, etj. Teknologjia e lidhjes molekulare përdoret për të parashikuar strukturën tre-dimensionale të aptamerit dhe molekulës së synuar për një përshtatje më të saktë.

Prezantimi i mutacionit

Mutacion i rastësishëmPërdorimi i teknikave të mutagjenezës (siç është mutagjeneza PCR) për të futur mutacione të rastësishme në sekuencën e aptamerit, dhe ri-shqyrtimi me teknologjinë SELEX mund të përftojë mutantë me afinitet dhe selektivitet më të lartë. Kjo metodë mund të eksplorojë diversitetin e sekuencave të aptamerit dhe të zbulojë modele të reja lidhjeje dhe drejtime optimizimi.

Mutacion specifik për vendinBazuar në analizën strukturore dhe parashikimin e vendit të lidhjes, vendet e mundshme të mutacionit zgjidhen për zëvendësim me një bazë të vetme ose shumë baza për të eksploruar efektet e sekuencave të ndryshme në performancën e aptamerit. Mutacioni specifik i vendit mund të kontrollojë me saktësi ndryshimet strukturore të aptamerit për të optimizuar performancën e tij.

Modifikimi kimik

Aptameri modifikohet kimikisht dhe grupet e modifikimit futen në pozicione të ndryshme të aptamerit (si baza, unaza e sheqerit, grupi fosfat, etj.) për të përmirësuar stabilitetin, aftësinë anti-nukleazë dhe afinitetin e aptamerit.

Fig.1 Modifikime të zakonshme të aptamerëve. (Burimi i referencës:Libri “Acid nukleik”, Kapitulli “Aptameret e acidit nukleik”

Modifikimet e zakonshme përfshijnë 2 '-fluororibozën, 2' -amino ribozën, 2 '-o-metilribozën, LNA-në (acid nukleik i bllokuar) dhe acidin nukleik purin të pametiluar (UNA). Këto modifikime mund të zvogëlojnë njohjen e nukleazave, të rrisin aftësinë e aptamerëve për t'i rezistuar degradimit ose të ndryshojnë vetitë e tyre të lidhjes me molekulat e synuara.

Prezantimi i Zonës së Funksionit

Aptameri është i pajisur me funksione të reja, të tilla si aktiviteti enzimatik dhe aftësia e raportimit të fluoreshencës. Rajoni i lidhjes së ligandit kombinohet me rajonin katalitik për të prodhuar një aptamer me aktivitet enzimatik. Për shembull, shtimi i rajoneve që lidhen me molekulat që lëshojnë fluoreshencë krijon një aptamer vetë-raportues që lëshon një sinjal fluoreshent pas lidhjes së suksesshme të shënjestrës.