Shërbimi i Analizës së Ndërveprimit Proteinë-Proteinë

Alpha Lifetech gjithashtu mund t'u ofrojë klientëve analiza të proteinave, analiza të ndërveprimit të proteinave, analiza të ndërveprimit proteinë-proteinë (CO-IP, Western Blot, analiza e imunoprecipitimit të kromatinës) dhe analiza të funksionit të proteinave për të përmbushur nevojat eksperimentale të klientëve të ndryshëm.

NA KONTAKTONI

Shërbimi i Analizës së Ndërveprimit Proteinë-Proteinë

Alpha Lifetech është angazhuar thellësisht në analizat e proteinave për shumë vite, duke ndërtuar një platformë të shëndoshë për analizën e funksionit të proteinave dhe duke zotëruar një sërë mjetesh teknike për të verifikuar ndërveprimin e proteinave, të cilat mund të kursejnë kohë për kërkime shkencore ose projekte kërkimore, duke ofruar rezultate të qëndrueshme.

Hyrje në analizën e ndërveprimit proteinë-proteinë

Proteinat janë molekulat ekzekutive më kritike në çdo formë jete që i përgjigjen udhëzimeve të ruajtura në materialet gjenetike. Më shpesh, proteinat kryejnë punën e tyre duke vepruar si aktorë roli që bashkëveprojnë me proteina të tjera, gjë që është më e dukshme kur funksioni i një proteine shqyrtohet në kontekstin real të një qelize. Identifikimi i ndërveprimeve midis proteinave është shumë i rëndësishëm për hetimin biokimik të një proteine individuale. Analiza e ndërveprimit të proteinave të llojeve të zakonshme është si më poshtë:

Analiza e bashkë-imunoprecipitimit

Parimi i metodës së bashkë-imunoprecipitimit është përzierja e proteinës së synuar, antitrupit specifik dhe sferave magnetike të proteinës A/G për inkubim, supernatanti i proteinës së palidhur hidhet përmes adsorbimit të sferave magnetike në raftin magnetik dhe sferat magnetike lahen për të hequr proteinën dhe papastërtitë e tjera, përveç nëse janë të lidhura posaçërisht.

Fig. 1 Diagrama skematike e analizave Co-IP.(Burimi i referencës: Analiza e koimunoprecipitimit - PubMed (nih.gov))

Analizë tërheqëse poshtë

Analiza tërheqëse është për të fiksuar proteinën e njohur në sferën magnetike dhe për të shtuar substancën që do të zbulohet. Eluenti zbulohet për adsorbimin e proteinave që bashkëveprojnë.

Në vitin 1988, Smith et al. pastruan proteinën e shkrirë GST, e cila u aplikua në analizat "pull-down" dhe quhet "Gst pull down", që do të thotë shtimi i një etikete GST në proteinën e synuar, kapja e proteinës bashkëvepruese përmes GSH, eluimi i lidhjes dhe verifikimi i saj përmes analizave WB.

Fig. 2 Diagrama skematike e analizave tërheqëse të GST-së.(Burimi i referencës: Analiza GST Pull-Down për të studiuar lidhjen e PIF4 in vitro - PubMed (nih.gov) )

Metoda e tij tërheqëse është përdorimi i joneve metalike si nikeli ose kobalti si mjedis, pastrimi i proteinës përmes kromatografisë së afinitetit dhe eluimi i lidhjes përmes eksperimentit WB për verifikim.

Përveç kësaj, ekzistojnë analizat e tërheqjes së ADN-së (analiza e lidhjes së ADN-së së proteinave), tërheqjes së ARN-së (analiza e ndërveprimit të ARN-së së proteinave) dhe analizat e tërheqjes së molekulave të vogla.

DNA Pull-down (Analiza e lidhjes së ADN-së së proteinave) është një metodë in vitro për përcaktimin e lidhjes së ADN-së së proteinave. Nëse proteinat specifike lidhen me ADN-në e synuar u zbulua nga analizat WB; Fragmente të panjohura të ADN-së të lidhura me proteinat, cilat fragmente të ADN-së njihen nga zbulimi MS.

ARN Pull-down (Analiza e ndërveprimit të ARN-së së proteinave) është një metodë in vitro për përcaktimin e lidhjes së ARN-së me proteinat. Nëse proteinat specifike lidhen me ARN-në e synuar u zbulua nga analizat WB; Fragmente të panjohura të ARN-së të lidhura me proteinat, cilat fragmente të ARN-së njihen nga zbulimi MS.

Metoda SM pull-down (analiza SM pull-down me molekula të vogla) mund të gjejë proteina të synuara që lidhen posaçërisht me molekulat e vogla, dhe kur kombinohet me MS, proteinat e synuara me molekula të vogla mund të shqyrtohen me saktësi, të cilat mund të ndahet në metodën e etiketimit in vitro dhe metodën biologjike ortogonale.

Eksperimenti i WB-së

Eksperimenti WB (i njohur edhe si eksperimenti Western Blot ose Western blot), thelbi është reagimi specifik i antigjenit dhe antitrupit, parimi bazë është ndarja e proteinave të denatyruara përmes elektroforezës së xhelit poliakrilamid SDS dhe transferimi i tyre në një bartës të fazës së ngurtë (siç është membrana PVDF, membrana NC) përmes transferimit të membranës (rrotullim i lagësht ose gjysmë i thatë). Pas bllokimit (duke përdorur BSA, dhallë, etj.), antitrupi primar aplikohet për t'u lidhur posaçërisht me proteinën, dhe antitrupi sekondar i shënuar me fluoresceinë shtohet pas larjes së filmit. Duke lidhur antitrupin e dytë me antitrupin primar, proteina e synuar mund të vëzhgohet nga zhvillimi i ngjyrës së substratit dhe kemilumineshenca. Përdoret përgjithësisht për të përcaktuar nëse një proteinë specifike shprehet në mostër dhe për të analizuar përafërsisht nivelin e shprehjes së saj.

Krahasimi i metodës së ndërveprimit proteinë-proteinë

Analizat tërheqëse të proteinave janë të ngjashme me analizat Co-IP, të cilat të dyja i përkasin eksperimenteve të zbulimit të ndërveprimit të proteinave. Dallimi midis dy metodave është se analizat Co-IP marrin proteinat bashkëvepruese të proteinave të njohura, të cilat kanë një autenticitet të caktuar, por nuk mund të konfirmojnë nëse proteinat bashkëvepruese bashkëveprojnë drejtpërdrejt apo tërthorazi. Analizat tërheqëse janë për të gjetur proteinën e panjohur që bashkëvepron me proteinën e njohur. Ato mund të konfirmojnë drejtpërdrejt nëse proteina e njohur bashkëvepron me proteinën e zbuluar, por nuk mund të dinë situatën e lidhjes in vivo.

Teknologjia e bashkë-imunoprecipitimit përdoret për të analizuar nëse ekziston një bashkëveprim midis dy ose më shumë proteinave, bazuar në eksperimentet e imunoprecipitimit. Krahasuar me teknikat e tjera eksperimentale të analizës së bashkëveprimit të proteinave (GST Pull-down, Western Blot, analiza e imunoprecipitimit të Chromatin, etj.), teknologjia Co-IP ka specifikë, ndjeshmëri dhe përsëritshmëri të lartë më të lartë, të cilat mund të shmangin ndërhyrjen e lidhjes jo-specifike dhe të pasqyrojnë bashkëveprimin e proteinave në gjendjen natyrore.

	GST Zbrit poshtë	Bashkë-IP	BB
Avantazhi	* Lehtë për t’u përdorur * I përshtatshëm për pastrimin e proteinave të ndryshme	Për analizën e ndërveprimit in vivo Mund të identifikohet me proteinën e rrjedhës së poshtme	Specifikitet i fortë Cilësore dhe sasiore in vitro
Kufizim	Ndoshta lidhje jospecifike Kërkohet validim i mëtejshëm i ndërveprimit	Varësi e fortë nga antitrupat Mund të ndodhë lidhje jospecifike	Konsumon kohë E vështirë për t’u përdorur për analiza të proteinave në shkallë të gjerë
Shembull Aplikimi	Identifikoni ndërveprimet Kompleks proteinash i pastruar	Studim i transduksionit të sinjalit Mekanizmi i sëmundjes	Analiza pasuese e ndërveprimeve proteinë-proteinë, proteinë-ADN dhe proteinë-ARN