Служба за анализу карактеризације аптамера

Алфа Лајфтек већ годинама пружа услуге везане за аптамере и тренутно може да обезбеди свеобухватне шеме за развој аптамера као што су синтеза аптамера, SELEX скрининг, секвенцирање високог протока и оптимизација и карактеризација аптамера. На основу предности SELEX методе за скрининг аптамера, Алфа Лајфтек је проширио додатне методе за скрининг аптамера.

Увод у анализу карактеризације аптамера

Верификација афинитета

Оптимизовани афинитет аптамера је верификован релевантним техникама теста везивања аптамера. Примери укључују изотермалну титрациону калориметрију (ITC), проточну цитометрију (FCM) и површинску плазмонску резонанцу (SPR), микрофлуидику итд. Афинитет аптамера се обично изражава константом дисоцијације (KD), физичком величином која се користи за квантификацију степена молекуларне дисоцијације у реверзибилној реакцији. Што је мања вредност KD, то је комплекс стабилнији, односно, афинитет је јачи; обрнуто, што је већа вредност KD, то је комплекс нестабилнији и афинитет је слабији. Овај корак је кључан за идентификацију перформанси аптамера, осигуравајући сазревање афинитета аптамера и могућност везивања за циљни молекул са високим афинитетом и селективношћу у практичним применама.

Сл.1 Процес сазревања афинитета аптамера. Извор референце:Кингхорн АБ, Фрејзер ЛА, 2017.

Верификација функције

Поред верификације афинитета, потребно је верификовати и функцију аптамера. То укључује верификацију стабилности, специфичности и интеракција аптамера са другим молекулима у одређеном окружењу. Резултати функционалне верификације ће директно утицати на вредност аптамера у научним истраживањима и индустријским применама.

Конкретна верификација

Конкурентни експеримент: Способност аптамера да се веже за специфичну мету процењује се у присуству других сличних мета. Ако се аптамер може специфично везати за циљни молекул без ометања других молекула, то указује да има високу специфичност.

Експеримент унакрсне реакције: Аптамер се везује за низ сродних или неповезаних циљева како би се видело да ли се везује само за одређену мету, како би се потврдила његова специфичност.

Провера стабилности

Експеримент са деградацијом нуклеаза: Аптамери су били изложени различитим концентрацијама нуклеаза и посматрана је њихова деградација. Поређењем степена деградације у различитим временским тачкама, може се проценити способност аптамера да разгради антинуклеазе.

Експеримент температурне и временске стабилности: Аптамер је стављен под различите температурне и временске услове како би се посматрала његова структурна и функционална стабилност. Ово помаже у одређивању оптималних услова складиштења и употребе аптамера.

Идентификација биолошке активности

Одговарајући метод се обично бира у складу са специфичним циљем примене аптамера нуклеинске киселине.

(1) Тестирање на молекуларном нивоу: Коришћење техника молекуларне биологије, као што су гел електрофореза, Вестерн блот итд., за детекцију комплекса формираних након што се аптамер комбинује са циљним молекулом или за детекцију промена у нивоу експресије циљног молекула изазваних аптамером.

(2) Тестирање на нивоу ћелија: Коришћењем технологије ћелијске културе, аптамери се инкубирају са циљним ћелијама како би се посматрале биолошке промене као што су морфологија ћелија, пролиферација и апоптоза, и проценила биолошка активност аптамера.

(3) Тестирање на животињским моделима: У одговарајућим животињским моделима, аптамери нуклеинских киселина се дају ињекцијом или применом лекова, а физиолошки индикатори и патолошке промене код животиња се посматрају како би се проценила биолошка активност и безбедност аптамера in vivo.