Аптамер Оптимизатион Сервице

Аптамери су једноланчани олигонуклеотиди који се могу специфично везати за циљне молекуле. Они формирају специфичну тродимензионалну структуру након адаптивног савијања кроз различите силе интеракције као што је комплементарно упаривање нуклеотидних база, водонична веза, π-π слагање, електростатичка сила, итд. Ова структура се специфично везује за циљне молекуле путем интермолекуларне силе. Аптамери се обично производе СЕЛЕКС скринингом. Методе оптимизације аптамера се углавном фокусирају на побољшање афинитета, селективности и стабилности аптамера.

Алпха Лифетецх је посвећен пружању услуга корисницима тачних и ефикасних скрининга и оптимизације аптамера нуклеинске киселине. Процес скрининга и оптимизације није само кључни корак у добијању висококвалитетних аптамера, већ је и важан темељ за унапређење ових апликација. Алпха Лифетецх наставља да уводи најсавременије технологије и оптимизује сервисне процесе како би осигурао да су наше услуге увек на челу индустрије и да клијентима донесу ефикасније искуство скрининга и оптимизације аптамера нуклеинске киселине.

СЕЛЕКС Аптамер Селецтион

Алпха Лифетецх се већ дуги низ година фокусира на развој аптамера нуклеинске киселине, углавном подељен на дизајн аптамера нуклеинске киселине, изградњу библиотеке аптамера нуклеинске киселине, скрининг аптамера нуклеинске киселине и синтезу аптамера нуклеинске киселине.

СЕЛЕКС техника скрининга је главна метода за скрининг аптамера. Алпха Лифетецх не може само да обезбеди избор СЕЛЕКС аптамера, већ и друге методе засноване на СЕЛЕКС технологији, као што су Целл-СЕЛЕКС, ЦЕ-СЕЛЕКС, Цаптуре-СЕЛЕКС, итд. Кроз ин витро скрининг аптамера, добијају се аптамери који могу специфично да идентификују циљни молекул и имају висок афинитет према циљном молекулу, а затим се на скринисаним аптамерима врши секвенционирање високе пропусности и на крају се аптамери синтетишу путем ин витро хемијске синтезе. Поред тога, Алпха Лифетецх може да оптимизује изабране аптамере и да провери функције оптимизованих аптамера.

Увод у Аптамер оптимизацију

Иако аптамери нуклеинске киселине прегледани помоћу СЕЛЕКС технологије имају јак афинитет за циљне молекуле, у практичним применама, аптамери још увек треба да буду оптимизовани да би се додатно побољшала специфичност аптамера, афинитет аптамера и стабилност аптамера како би се задовољиле потребе специфичних сценарија примене.

Главне методе оптимизације аптамера укључују следеће аспекте:

Сечење структуре

Скраћивање: Уклањањем делова аптамерне секвенце који не утичу или мање утичу на способност везивања циљног молекула, чувајући подручје препознавања језгра, дужина аптамера се може скратити, а његова ефикасност синтезе и стабилност аптамера могу се побољшати.

На основу симулације секундарне структуре и емпиријских покушаја и грешака, локална виша структура аптамера (као што је прстен стабљике, псеудоспојница, Г-квадруплет, итд.) је вештачки дефинисана, неформирани или упарени појединачни ланци су уклоњени, стабљика је скраћена, уклоњени су мали конвексни прстенови, коришћена је технологија претходног спајања, итд. тродимензионална структура аптамера и циљног молекула за прецизније кројење.

Увођење мутације

Случајна мутација: Коришћење техника мутагенезе (као што је ПЦР мутагенеза) за увођење насумичних мутација у секвенцу аптамера, и поновни скрининг помоћу СЕЛЕКС технологије може да добије мутанте са већим афинитетом и селективношћу. Овај метод може истражити разноликост секвенци аптамера и открити нове обрасце везивања и правце оптимизације.

Мутација специфична за локацију: На основу структурне анализе и предвиђања места везивања, могућа места мутације се бирају за супституцију са једном базом или више база да би се истражили ефекти различитих секвенци на перформансе аптамера. Мутација специфична за локацију може прецизно контролисати структурне промене аптамера како би оптимизовала његове перформансе.

Хемијска модификација

Аптамер је хемијски модификован, а модификационе групе се уводе у различите положаје аптамера (као што су база, шећерни прстен, фосфатна група, итд.) да би се побољшала стабилност, антинуклеазна способност и афинитет аптамера.

Сл.1 Уобичајене модификације аптамера. (Референтни извор:Нуклеинска киселина” књига, „Аптамери нуклеинских киселина” поглавље

Уобичајене модификације укључују 2'-флуорорибозу, 2'-амино рибозу, 2'-о-метилрибозу, ЛНА (закључана нуклеинска киселина) и неметилована пуринска нуклеинска киселина (УНА). Ове модификације могу да смање препознавање нуклеаза, да повећају способност аптамера да се одупру деградацији или да промене својства њиховог везивања за циљне молекуле.

Представљање функционалне области

Аптамер је обдарен новим функцијама, као што су активност ензима и способност извештавања о флуоресценцији. Регион који се везује за лиганд се комбинује са каталитичким регионом да би се произвео аптамер са ензимском активношћу. На пример, додавање региона који се везују за молекуле који емитују флуоресценцију стварају аптамер који се самоизвештава и емитује флуоресцентни сигнал након успешног везивања циља.