เทคโนโลยีไฮบริดโดมาสามารถใช้ในการเตรียมแอนติบอดีโมโนโคลนอลได้ โดยการรวมเซลล์ม้ามจากหนูที่ได้รับการกระตุ้นภูมิคุ้มกันเข้ากับเซลล์ไมอีโลมาจากมนุษย์หรือหนู ทำให้เกิดเซลล์ไฮบริดโดมาซึ่งสามารถหลั่งแอนติบอดีจำเพาะได้ แอนติบอดีโมโนโคลนอลที่ได้จากหนูสามารถนำไปใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ เช่น การทดสอบอิมมูโนซอร์เบนต์แบบเชื่อมโยงเอนไซม์ (ELISA), การทดสอบอิมมูโนเรดิโอ (RT-AS), อิมมูโนฮิสโตเคมี, โฟลว์ไซโตเมทรี, การทำให้บริสุทธิ์ของโปรตีน เป็นต้น ตัวอย่างแอนติบอดีโมโนโคลนอล ได้แก่ น้ำในช่องท้อง สารละลายส่วนบนของเซลล์ไฮบริดโดมา เป็นต้น ตัวอย่างที่ได้จากการฉีดเซลล์ไฮบริดโดมาเข้าไปในช่องท้องของสัตว์และใช้สภาพแวดล้อมทางสรีรวิทยาของช่องท้องสัตว์ในการผลิตแอนติบอดีเรียกว่าตัวอย่างน้ำในช่องท้อง เซลล์ไฮบริดโดมาที่ฉีดเข้าไปในช่องท้องของสัตว์สามารถเพิ่มจำนวนและหลั่งแอนติบอดีโมโนโคลนอล ซึ่งสามารถสะสมอยู่ในน้ำในช่องท้องได้ เนื่องจากอาจมีสิ่งเจือปน (โปรตีนจากสัตว์ ฮอร์โมน ฯลฯ) ในแอนติบอดีเหล่านี้ จึงจำเป็นต้องมีการทำให้บริสุทธิ์ จากหน้าที่การหลั่งของเซลล์ B ลิมโฟไซต์ แอนติบอดีโมโนโคลนอลมักถูกหลั่งออกมาในอาหารเลี้ยงเซลล์เมื่อทำการเพาะเลี้ยงเซลล์ไฮบริดโดมา ของเหลวที่มีแอนติบอดีโมโนโคลนอลในอาหารเลี้ยงเซลล์เรียกว่า สารละลายไฮบริดโดมา (hybridoma supernatant) ความบริสุทธิ์ของแอนติบอดีโมโนโคลนอลในสารละลายนี้ค่อนข้างสูง แต่จำเป็นต้องมีการทำให้บริสุทธิ์เพิ่มเติมสำหรับการผลิตในปริมาณมาก เนื่องจากได้มาจากการเพาะเลี้ยงในหลอดทดลอง

การทำให้บริสุทธิ์ของแอนติบอดีสามารถแยกแอนติบอดีที่มีความบริสุทธิ์สูงออกจากสารประกอบเชิงซ้อนได้ ในปัจจุบัน วิธีการทำให้บริสุทธิ์ของแอนติบอดีที่ใช้กันทั่วไป ได้แก่ การทำให้บริสุทธิ์โดยอาศัยความสัมพันธ์ของโปรตีน A/G, การแยกและทำให้บริสุทธิ์โดยโครมาโทกราฟีแบบแลกเปลี่ยนไอออน, การกรองด้วยเจล, การตกตะกอน และโครมาโทกราฟีแบบปฏิสัมพันธ์ไฮโดรโฟบิก ในบรรดาวิธีเหล่านี้ การทำให้บริสุทธิ์โดยอาศัยความสัมพันธ์ของโปรตีน A/G เป็นที่นิยมอย่างแพร่หลายในการใช้งานการทำให้บริสุทธิ์ของแอนติบอดีต่างๆ กระบวนการเตรียมแอนติบอดีโมโนโคลนอลของบริษัท Alpha Lifetech โดยใช้เทคโนโลยีไฮบริดโดมาแสดงในรูปที่ 1

รูปที่ 1 แผนภาพกระบวนการเตรียมแอนติบอดีโมโนโคลนอลโดยใช้เทคโนโลยีไฮบริดโดมา