Aptamer Karakterizasyon Analiz Hizmeti

Alpha Lifetech, uzun yıllardır aptamerle ilgili hizmetler sunmaktadır ve şu anda aptamer sentezi, SELEX taraması, yüksek verimli sekanslama ve aptamer optimizasyonu ve karakterizasyonu gibi kapsamlı aptamer geliştirme şemaları sağlayabilmektedir. Aptamer taraması için SELEX yönteminin avantajlarından yola çıkarak, Alpha Lifetech aptamer taraması için daha fazla yöntem geliştirmiştir.

Aptamer Karakterizasyon Analizine Giriş

Yakınlık doğrulaması

Optimize edilmiş aptamer afinitesi, aptamer bağlanma testinin ilgili teknikleri kullanılarak doğrulandı. Örnekler arasında İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi (ITC), Akış Sitometrisi (FCM), Yüzey Plazmon Rezonansı (SPR), Mikroakışkanlar vb. yer almaktadır. Aptamer afinitesi genellikle, tersinir bir reaksiyonda moleküler ayrışma derecesini ölçmek için kullanılan fiziksel bir nicelik olan ayrışma sabiti (KD) ile ifade edilir. KD değeri ne kadar küçükse, kompleks o kadar kararlı, yani afinite o kadar güçlüdür; tersine, KD değeri ne kadar büyükse, kompleks o kadar kararsız ve afinite o kadar zayıftır. Bu adım, aptamerin performansını belirlemenin, aptamer afinitesinin olgunlaşmasını sağlamanın ve pratik uygulamalarda hedef moleküle yüksek afinite ve seçicilikle bağlanabilmesini sağlamanın anahtarıdır.

Şekil 1. Aptamer afinitesinin olgunlaşma süreci. Referans kaynağı:Kinghorn AB, Fraser LA, 2017.

Fonksiyon doğrulama

Afinite doğrulamasının yanı sıra, aptamerin işlevinin de doğrulanması gerekir. Bu, aptamerin kararlılığının, özgüllüğünün ve belirli bir ortamdaki diğer moleküllerle etkileşimlerinin doğrulanmasını içerir. İşlevsel doğrulamanın sonuçları, aptamerlerin bilimsel araştırmalardaki ve endüstriyel uygulamalardaki değerini doğrudan etkileyecektir.

Özel Doğrulama

Rekabetçi deney: Aptamerin belirli bir hedefe bağlanma yeteneği, diğer benzer hedeflerin varlığında değerlendirilir. Aptamer, diğer moleküllerin müdahalesi olmadan hedef moleküle özgül olarak bağlanabiliyorsa, yüksek özgüllüğe sahip olduğu anlamına gelir.

Çapraz reaksiyon deneyi: Aptamerin özgüllüğünü doğrulamak için, aptamerin yalnızca belirli bir hedefe bağlanıp bağlanmadığını görmek amacıyla, bir dizi ilişkili veya ilişkisiz hedefe bağlanması gerçekleştirilir.

Kararlılık doğrulaması

Nükleaz bozunma deneyi: Aptamerler farklı konsantrasyonlardaki nükleazlara maruz bırakıldı ve bozunmaları gözlemlendi. Farklı zaman noktalarındaki bozunma derecesi karşılaştırılarak, aptamerin anti-nükleaz bozunma yeteneği değerlendirilebilir.

Sıcaklık ve zaman stabilitesi deneyi: Aptamer, yapısal ve işlevsel stabilitesini gözlemlemek için farklı sıcaklık ve zaman koşulları altında tutuldu. Bu, aptamerler için en uygun saklama ve kullanım koşullarını belirlemeye yardımcı olur.

Biyolojik aktivite tanımlaması

Uygun yöntem genellikle nükleik asit aptamerinin spesifik uygulama amacına göre seçilir.

(1) Moleküler düzeyde test: Aptamerin hedef molekülle birleşmesinden sonra oluşan kompleksleri tespit etmek veya aptamerin neden olduğu hedef molekülün ifade düzeyindeki değişiklikleri tespit etmek için jel elektroforezi, Western blot vb. gibi moleküler biyoloji tekniklerinin kullanılması.

(2)Hücre düzeyinde test: Hücre kültürü teknolojisi kullanılarak, aptamerler hedef hücrelerle inkübe edilerek hücre morfolojisi, çoğalma ve apoptoz gibi biyolojik değişiklikler gözlemlenir ve aptamerlerin biyolojik aktivitesi değerlendirilir.

(3)Hayvan modeli testleri: Uygun hayvan modellerinde, nükleik asit aptamerleri enjeksiyon veya ilaç uygulaması yoluyla verilir ve aptamerlerin in vivo biyolojik aktivitesini ve güvenliğini değerlendirmek için hayvanların fizyolojik göstergeleri ve patolojik değişiklikleri gözlemlenir.